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Yorodumi- PDB-4ufq: Structure of a novel Hyaluronidase (Hyal_Sk) from Streptomyces ko... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ufq | ||||||
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Title | Structure of a novel Hyaluronidase (Hyal_Sk) from Streptomyces koganeiensis. | ||||||
Components | Hyaluronidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | Hyaluronidase, bacterial / Hyaluronidase protein (HylP) / hyalurononglucosaminidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hyaluronidase Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces koganeiensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Gavira, J.A. / Messina, L. / Pernagallo, S. / Unciti-Broceta, J.D. / Conejero-Muriel, M. / Diaz-Mochon, J.J. / Vaccaro, S. / Caruso, S. / Musumeci, L. / Bisicchia, S. / Di Pasquale, R. | ||||||
Citation | Journal: FEBS Lett. / Year: 2016 Title: Identification and Characterization of a Bacterial Hyaluronidase and its Production in Recombinant Form. Authors: Messina, L. / Gavira, J.A. / Pernagallo, S. / Unciti-Broceta, J.D. / Sanchez Martin, R.M. / Diaz-Mochon, J.J. / Vaccaro, S. / Conejero-Muriel, M. / Pineda-Molina, E. / Caruso, S. / Musumeci, ...Authors: Messina, L. / Gavira, J.A. / Pernagallo, S. / Unciti-Broceta, J.D. / Sanchez Martin, R.M. / Diaz-Mochon, J.J. / Vaccaro, S. / Conejero-Muriel, M. / Pineda-Molina, E. / Caruso, S. / Musumeci, L. / Di Pasquale, R. / Pontillo, A. / Sincinelli, F. / Pavan, M. / Secchieri, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ufq.cif.gz | 251.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ufq.ent.gz | 219.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ufq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ufq_validation.pdf.gz | 468.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ufq_full_validation.pdf.gz | 471.3 KB | Display | |
Data in XML | 4ufq_validation.xml.gz | 22.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4ufq_validation.cif.gz | 33.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/4ufq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/4ufq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 21745.770 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces koganeiensis (bacteria) / Plasmid: PCR-TOPO-BLUNTII / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: A0A0U2E2J7 |
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-Non-polymers , 6 types, 435 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.93 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: COUNTERDIFFUSION; 30% V/V PEG8K, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.90753, 0.97942 | |||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 17, 2014 / Details: MIRRORS | |||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.45→52.24 Å / Num. obs: 75047 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 19 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.49 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.5 Å / Redundancy: 17 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD Starting model: NONE Resolution: 1.45→52.244 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→52.244 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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