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Yorodumi- PDB-4uey: Structure of the periplasmic domain PhoQ double mutant (W104C-A128C) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uey | ||||||
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Title | Structure of the periplasmic domain PhoQ double mutant (W104C-A128C) | ||||||
Components | PHOQ PERIPLASMIC DOMAIN DOUBLE MUTANT | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION / PHOQ / PERIPLASMIC DOMAIN / HAMP DOMAIN / HISTIDINE KINASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | SALMONELLA ENTERICA (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Sancho-Vaello, E. / Hicks, K.G. / Miller, S.I. / Zeth, K. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2015 Title: Acidic pH and divalent cation sensing by PhoQ are dispensable for systemic salmonellae virulence. Authors: Hicks, K.G. / Delbecq, S.P. / Sancho-Vaello, E. / Blanc, M.P. / Dove, K.K. / Prost, L.R. / Daley, M.E. / Zeth, K. / Klevit, R.E. / Miller, S.I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uey.cif.gz | 181.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uey.ent.gz | 153.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uey.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uey | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17838.201 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: PHOQ DOMAIN, UNP RESIDUES 45-190 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SALMONELLA ENTERICA (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P0DM80 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.94 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 / Details: pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Type: ALBA BEAMLINE XALOC / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 35731 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 40.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 93.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→31.246 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / Phase error: 34.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→31.246 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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