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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ucy | ||||||
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タイトル | X-ray structure and activities of an essential Mononegavirales L- protein domain | ||||||
要素 | RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CAPPING / L PROTEIN / ROSSMANN / TRIPHOSPHATASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ヒトメタニューモウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.83 Å | ||||||
データ登録者 | Paesen, G.C. / Collet, A. / Sallamand, C. / Debart, F. / Vasseur, J.J. / Canard, B. / Decroly, E. / Grimes, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2015 タイトル: X-Ray Structure and Activities of an Essential Mononegavirales L-Protein Domain. 著者: Paesen, G.C. / Collet, A. / Sallamand, C. / Debart, F. / Vasseur, J. / Canard, B. / Decroly, E. / Grimes, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ucy.cif.gz | 163.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ucy.ent.gz | 134.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ucy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/4ucy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/4ucy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47661.152 Da / 分子数: 2 / 断片: METHYLTRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 1600-2005 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ヒトメタニューモウイルス) プラスミド: POPIN_E / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q91L20 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.83→82.16 Å / Num. obs: 28922 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 104.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 2.83→61.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9309 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9301 / SU R Cruickshank DPI: 0.751 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.764 / SU Rfree Blow DPI: 0.288 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.292
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原子変位パラメータ | Biso mean: 96.81 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.454 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.83→61.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.83→2.94 Å / Total num. of bins used: 14
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