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- PDB-4ube: CRYSTAL STRUCTURE OF M TUBERCULOSIS ADENOSINE KINASE COMPLEXED WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ube
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF M TUBERCULOSIS ADENOSINE KINASE COMPLEXED WITH 2-FLURO ADENOSINE
要素Adenosine kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Adenosine kinase / Complex / 2-Fluoroadenosine
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine kinase / adenosine kinase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / ATP binding
類似検索 - 分子機能
pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2FA / Adenosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium bovis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.933 Å
データ登録者Reddy, M.C.M. / Palaninathan, S.K. / Shetty, N.D. / Owen, J.L. / Watson, M.D. / Sacchettini, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)PO1 AI 68135 米国
引用
ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF M TUBERCULOSIS ADENOSINE KINASE COMPLEXED WITH 2-FLURO ADENOSINE
著者: Reddy, M.C.M. / Palaninathan, S.K. / Shetty, N.D. / Owen, J.L. / Watson, M.D. / Sacchettini, J.C.
#1: ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2007
タイトル: High resolution crystal structures of Mycobacterium tuberculosis adenosine kinase: insights into the mechanism and specificity of this novel prokaryotic enzyme
著者: Reddy, M.C.M. / Palaninathan, S.K. / Shetty, N.D. / Owen, J.L. / Watson, M.D. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2014年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns
Item: _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9682
ポリマ－35,6831
非ポリマー2851
水4,360242
1
A: Adenosine kinase
ヘテロ分子

A: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9374
ポリマ－71,3662
非ポリマー5702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area5640 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.916, 71.916, 110.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-566-

HOH

21A-583-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Adenosine kinase / / AK


分子量: 35683.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 株: ATCC BAA-935 / AF2122/97 / 遺伝子: adoK, cbhK, Mb2225c / プラスミド: pET28-b / 詳細 (発現宿主): N-terminal Histag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83736, adenosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-2FA / 2-(6-AMINO-2-FLUORO-PURIN-9-YL)-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL / 2-FLUOROADENOSINE / 2-フルオロアデノシン


分子量: 285.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12FN5O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-NA, PH 7.5 AND 1.4 M TRISODIUM CITRATE DIHYDRATE
PH範囲: 6.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Ambient temp details: 07-JUN-06
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5412 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5412 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→62.26 Å / Num. all: 23982 / Num. obs: 23982 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/av σ(I): 0

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.2_869) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: APO MTB ADK

解像度: 1.933→18.831 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 24.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2432 1289 5.1 %Random
Rwork0.1975 ---
obs0.1999 23982 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.832 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0322 Å20 Å20 Å2
2--0.0322 Å20 Å2
3----0.0645 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.933→18.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2455 0 20 242 2717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1023435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.356869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005449
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)Rfactor Rfree error
1.933-2.01030.27721310.2275261499
2.0103-2.10170.28830.220.214226071000.34
2.1017-2.21240.27911600.220.20626181000.34
2.2124-2.35070.29021470.20772661100
2.3507-2.53190.29331150.21912645100
2.5319-2.78590.2621410.20442674100
2.7859-3.18740.26431550.21282656100
3.1874-4.00940.19861540.17762689100
4.0094-18.83170.21881390.187281299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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