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- PDB-4u8g: Crystal structure of 2-keto-3-deoxy-D-gluconate dehydrogenase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u8g
タイトルCrystal structure of 2-keto-3-deoxy-D-gluconate dehydrogenase from Streptococcus agalactiae
要素Putative uncharacterized protein gbs1891
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dehydrogenase (脱水素酵素) / SDR family / rosman fold / NADH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae NEM316 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Maruyama, Y. / Oiki, S. / Takase, R. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Grants-in-Aid for Scientific Research from the Japan Society for the Promotion of Science 日本
Targeted Proteins Research Program from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science, and Technology (MEXT) of Japan 日本
Research Grant from Mizutani Foundation for Glycoscience 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Metabolic Fate of Unsaturated Glucuronic/Iduronic Acids from Glycosaminoglycans: MOLECULAR IDENTIFICATION AND STRUCTURE DETERMINATION OF STREPTOCOCCAL ISOMERASE AND DEHYDROGENASE.
著者: Maruyama, Y. / Oiki, S. / Takase, R. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
履歴
登録2014年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32020年1月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein gbs1891


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9421
ポリマ－29,9421
非ポリマー00
水905
1
A: Putative uncharacterized protein gbs1891

A: Putative uncharacterized protein gbs1891

A: Putative uncharacterized protein gbs1891

A: Putative uncharacterized protein gbs1891


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7694
ポリマ－119,7694
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area14840 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area41020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.943, 83.943, 181.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein gbs1891


分子量: 29942.211 Da / 分子数: 1 / 変異: S150A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae NEM316 (バクテリア)
株: NEM316 / 遺伝子: gbs1891 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8E370
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% polyethylene glycol monomethyl ether 550, 0.1 M sodium chloride, and 0.1 M sodium N,N-bis(2-hydroxyethyl)glycine (pH 9.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 8964 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 22.5 % / Net I/σ(I): 78.5

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3cxr

3cxr


解像度: 2.9→35.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 14.148 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2869 421 4.7 %RANDOM
Rwork0.21139 ---
obs0.21477 8454 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-31.64 Å20 Å20 Å2
2--31.64 Å20 Å2
3----63.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→35.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1992 0 0 5 1997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192025
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.9622736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77934553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0565265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.80625.18183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.53715346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.552158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5457.3681063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4687.3671062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.62611.0511327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.63311.0551328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3517.734961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.357.737962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.48611.4481410
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.87469.9188496
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.87369.9238495
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.901→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.476 34 -
Rwork0.33 586 -
obs--98.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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