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万見
- PDB-4u7a: The carboxy-terminal domain of Erb1 is a seven-bladed beta-propel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u7a
タイトルThe carboxy-terminal domain of Erb1 is a seven-bladed beta-propeller that binds RNA.
要素Ribosome biogenesis protein ERB1リボソーム生合成
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / WD40 / rRNA binding (リボソームRNA) / beta-propeller (Βプロペラドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


PeBoW complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / preribosome, large subunit precursor / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / 核小体 ...PeBoW complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / preribosome, large subunit precursor / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / 核小体 / DNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
エタノール / Ribosome biogenesis protein ERB1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wegrecki, M. / Bravo, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: The Carboxy-Terminal Domain of Erb1 Is a Seven-Bladed -Propeller that Binds RNA.
著者: Wegrecki, M. / Neira, J.L. / Bravo, J.
履歴
登録2014年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome biogenesis protein ERB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1635
ポリマ－93,9011
非ポリマー2624
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area15320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.024, 62.431, 158.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ERB1 / リボソーム生合成 / Eukaryotic ribosome biogenesis protein 1


分子量: 93900.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ERB1, YMR049C, YM9796.02C / プラスミド: pET28-NKI/LIC 6His/3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q04660
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 8000, 8% ethylene glycol, 0.1M Hepes pH 7.5, 3% ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→58.07 Å / Num. obs: 67582 / % possible obs: 98.07 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04807 / Net I/σ(I): 19.48
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / % possible all: 96.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H13

2h13


解像度: 1.6→58.073 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 1363 2.02 %Random selection
Rwork0.1602 ---
obs0.1605 67575 98.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→58.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2859 0 17 357 3233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.074122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0421132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.65720.2931280.26976417X-RAY DIFFRACTION97
1.6572-1.72350.271390.23296468X-RAY DIFFRACTION97
1.7235-1.8020.24541190.20336519X-RAY DIFFRACTION97
1.802-1.8970.20511370.18236529X-RAY DIFFRACTION98
1.897-2.01590.17121270.16036564X-RAY DIFFRACTION98
2.0159-2.17150.18811290.15496599X-RAY DIFFRACTION98
2.1715-2.39010.18561450.1616619X-RAY DIFFRACTION99
2.3901-2.73590.1681310.16796705X-RAY DIFFRACTION99
2.7359-3.44690.17791540.16116754X-RAY DIFFRACTION99
3.4469-58.11170.14551540.13847038X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83730.53120.04151.04430.1192.45210.0488-0.1959-0.2014-0.0644-0.09160.0320.0837-0.13760.00050.14530.01060.0040.17090.02660.193822.217616.955971.5844
22.76730.1450.76481.4655-0.97632.530.0407-0.1290.22590.0429-0.1376-0.048-0.30830.1939-0.0080.1886-0.02240.00240.19190.02080.182235.240829.780270.1147
32.53920.14320.63252.1962-1.10162.12960.0185-0.02080.3121-0.009-0.1367-0.1263-0.4720.1888-00.2456-0.01870.01290.16910.03590.233535.265135.819562.9968
40.85310.38410.34120.32430.05840.81550.03110.12590.2218-0.2779-0.1524-0.0789-0.3839-0.0221-0.00020.32360.07110.01710.20610.03960.245826.519732.793449.4816
50.79460.76170.47411.2523-0.10180.9128-0.11370.22170.339-0.3157-0.01340.0462-0.3256-0.2636-0.00030.35060.1002-0.02040.25630.03010.246820.684232.212346.7185
61.25610.51060.03671.8112-0.25381.7772-0.00040.1725-0.0243-0.1488-0.08070.2553-0.0862-0.3802-00.21220.0595-0.03250.2779-0.04430.199613.407921.140852.9407
70.99790.16750.19370.71240.02452.52270.04840.0595-0.156-0.1013-0.0550.04310.1236-0.229800.17390.00560.00010.1932-0.00770.210715.41615.120561.15
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 416 through 476 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 477 through 572 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 573 through 632 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 633 through 658 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 659 through 688 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 689 through 746 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 747 through 807 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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