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万見
- PDB-4u0i: Crystal structure of KIT in complex with ponatinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u0i
タイトルCrystal structure of KIT in complex with ponatinib
要素Mast/stem cell growth factor receptor Kit,Mast/stem cell growth factor receptor Kit
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KIT / receptor tyrosine kinase / inhibitor / ponatinib / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / stem cell factor receptor activity / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / erythropoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / positive regulation of dendritic cell cytokine production / Kit signaling pathway / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / mast cell differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell chemotaxis / tongue development / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of pseudopodium assembly / immature B cell differentiation / melanocyte differentiation / positive regulation of mast cell cytokine production / lymphoid progenitor cell differentiation / germ cell migration / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / megakaryocyte development / Regulation of KIT signaling / stem cell population maintenance / pigmentation / mast cell degranulation / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / growth factor binding / cytokine binding / somatic stem cell population maintenance / hemopoiesis / spermatid development / T cell differentiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ectopic germ cell programmed cell death / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / : / response to cadmium ion / ovarian follicle development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / epithelial cell proliferation / SH2 domain binding / B cell differentiation / cell chemotaxis / acrosomal vesicle / erythrocyte differentiation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / stem cell differentiation / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / visual learning / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic side of plasma membrane / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / fibrillar center / cytokine-mediated signaling pathway / male gonad development / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell junction / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / regulation of cell population proliferation / regulation of cell shape / protein tyrosine kinase activity / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / protease binding / protein autophosphorylation / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / intracellular signal transduction
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0LI / PHOSPHATE ION / Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhou, T. / Zhu, X. / Dalgarno, D.C.
引用ジャーナル: Clin.Cancer Res. / 年: 2014
タイトル: Ponatinib Inhibits Polyclonal Drug-Resistant KIT Oncoproteins and Shows Therapeutic Potential in Heavily Pretreated Gastrointestinal Stromal Tumor (GIST) Patients.
著者: Garner, A.P. / Gozgit, J.M. / Anjum, R. / Vodala, S. / Schrock, A. / Zhou, T. / Serrano, C. / Eilers, G. / Zhu, M. / Ketzer, J. / Wardwell, S. / Ning, Y. / Song, Y. / Kohlmann, A. / Wang, F. ...著者: Garner, A.P. / Gozgit, J.M. / Anjum, R. / Vodala, S. / Schrock, A. / Zhou, T. / Serrano, C. / Eilers, G. / Zhu, M. / Ketzer, J. / Wardwell, S. / Ning, Y. / Song, Y. / Kohlmann, A. / Wang, F. / Clackson, T. / Heinrich, M.C. / Fletcher, J.A. / Bauer, S. / Rivera, V.M.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit,Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3394
ポリマ－35,6161
非ポリマー7233
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.032, 70.032, 129.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor Kit,Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog


分子量: 35616.195 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 563-693 and 754-935 linked via linker (THR SER)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-0LI / 3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide / Ponatinib / ポナチニブ


分子量: 532.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H27F3N6O / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 0.9-1.2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 25483 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.062 / Net I/av σ(I): 21.708 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 207978
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.077.20.69424960.97599.9
2.07-2.1580.55624850.985100
2.15-2.258.30.44325281.042100
2.25-2.378.30.34325001.02100
2.37-2.528.30.27125071.081100
2.52-2.718.40.19325411.124100
2.71-2.998.40.14325421.124100
2.99-3.428.40.08625701.148100
3.42-4.318.40.04925841.094100
4.31-5080.03627301.00199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
CNX3.14精密化
Quantaモデル構築
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 1164 4.6 %
Rwork0.204 22943 -
obs-24107 94.7 %
原子変位パラメータBiso max: 59.96 Å2 / Biso mean: 27.9818 Å2 / Biso min: 14.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.096 Å20.078 Å20 Å2
2---0.096 Å20 Å2
3---0.193 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2356 0 186 0 2542
Biso mean--31.35 --
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8542
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6052.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5AP24534_Kit.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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