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Yorodumi- PDB-4tu1: Structure of Toxoplasma gondii fructose 1,6 bisphosphate aldolase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tu1 | ||||||
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Title | Structure of Toxoplasma gondii fructose 1,6 bisphosphate aldolase | ||||||
Components | Fructose-1,6-bisphosphate aldolase | ||||||
Keywords | LYASE / aldolase / F16BP / invasion / toxoplasma / glideosome / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information apical cytoplasm / biological process involved in symbiotic interaction / adhesion of symbiont to host cell / symbiont entry into host / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of ATP biosynthetic process / glycolytic process / actin filament binding ...apical cytoplasm / biological process involved in symbiotic interaction / adhesion of symbiont to host cell / symbiont entry into host / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of ATP biosynthetic process / glycolytic process / actin filament binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Toxoplasma gondii (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Boucher, L.E. / Bosch, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2014 Title: Structure of Toxoplasma gondii fructose-1,6-bisphosphate aldolase. Authors: Boucher, L.E. / Bosch, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tu1.cif.gz | 541.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4tu1.ent.gz | 449.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tu1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/4tu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/4tu1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2pc4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38554.117 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 78-410 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii (eukaryote) / Gene: TGVEG_236040 / Plasmid: pET14b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 DE3 / References: UniProt: B9PW35, fructose-bisphosphate aldolase #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.9 Details: 0.1 M MOP/HEPES pH 7.9, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.02 M ammonium acetate, 12.5% ...Details: 0.1 M MOP/HEPES pH 7.9, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.02 M ammonium acetate, 12.5% glycerol, 25% PEG-4000; seeded |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1.127092 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 9, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.127092 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.749→46.7 Å / Num. all: 184014 / Num. obs: 184014 / % possible obs: 90.49 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.0777 / Net I/σ(I): 11.44 |
Reflection shell | Resolution: 1.749→1.812 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.858 / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / % possible all: 58.27 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2PC4 Resolution: 2→46.696 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 29.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→46.696 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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