PDB-4s22: Crystal structure of K29 linked di-Ubiquitin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s22

タイトル

Crystal structure of K29 linked di-Ubiquitin

要素

Ubiquitin

ユビキチン

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

zinc finger (ジンクフィンガー) /

Protease (プロテアーゼ) /

Ubiquitin binding (ユビキチン)

機能・相同性

機能・相同性情報

Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Downregulation of ERBB4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A ...Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Downregulation of ERBB4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / EGFR downregulation / TCF dependent signaling in response to WNT / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of FZD by ubiquitination / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of TNFR1 signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Regulation of necroptotic cell death / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Josephin domain DUBs / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Fanconi Anemia Pathway / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Regulation of TP53 Degradation / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Negative regulation of MET activity / Cyclin D associated events in G1 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Downregulation of ERBB2 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Regulation of PTEN localization / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Interferon alpha/beta signaling / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / RAS processing / Pexophagy / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Negative regulation of FLT3 /

Regulation of BACH1 activity / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Regulation of NF-kappa B signaling / Termination of translesion DNA synthesis / Ovarian tumor domain proteases / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of MAPK pathway / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Iron uptake and transport / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Metalloprotease DUBs / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Stimuli-sensing channels / Activation of NF-kappaB in B cells / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Degradation of DVL / Hedgehog ligand biogenesis / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kristariyanto, Y.A. / Abdul Rehman, S.A. / Campbell, D.G. / Morrice, N.A. / Johnson, C. / Toth, R. / Kulathu, Y.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: K29-selective ubiquitin binding domain reveals structural basis of specificity and heterotypic nature of k29 polyubiquitin.
著者: Kristariyanto, Y.A. / Abdul Rehman, S.A. / Campbell, D.G. / Morrice, N.A. / Johnson, C. / Toth, R. / Kulathu, Y.

履歴

登録	2015年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s22.cif.gz	129.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s22.ent.gz	102.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s22.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/4s22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/4s22	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s1zC 1ubqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tla-5 2mbq-d 5tla-6 5xmy-d 5chw-6 5chf-5 6mdh-d 5oav-d 5chf-3 5tla-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Ubiquitin

B: Ubiquitin

C: Ubiquitin

D: Ubiquitin

ヘテロ分子

35.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin

B: Ubiquitin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ubiquitin

D: Ubiquitin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.450, 69.245, 60.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	A	A	1 - 72	1 - 72
2	1	ARG	ARG	B	B	1 - 72	1 - 72
1	2	LEU	LEU	A	A	1 - 73	1 - 73
2	2	LEU	LEU	C	C	1 - 73	1 - 73
1	3	ARG	ARG	A	A	1 - 72	1 - 72
2	3	ARG	ARG	D	D	1 - 72	1 - 72
1	4	ARG	ARG	B	B	1 - 72	1 - 72
2	4	ARG	ARG	C	C	1 - 72	1 - 72
1	5	GLY	GLY	B	B	1 - 76	1 - 76
2	5	GLY	GLY	D	D	1 - 76	1 - 76
1	6	ARG	ARG	C	C	1 - 72	1 - 72
2	6	ARG	ARG	D	D	1 - 72	1 - 72

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Ubiquitin / ユビキチン分子量: 8576.831 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 77-152 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Blood / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: E1B9K1, UniProt: P63048*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化	温度: 285 K / pH: 6.5 詳細: 100mM MES, 200mM potassium iodide and 25% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0332
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月9日
放射	モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→60.05 Å / Num. obs: 11542 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 8.71
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.44 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EDNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UBQ

1ubq

解像度: 2.3→60.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 15.194 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.667 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	619	5.4 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.201	10922	94.1 %	-
all	-	22801	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.47 Å²	0 Å²	0.19 Å²
2-	-	1.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.292 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→60.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2366	0	16	42	2424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.02	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.926	2	3223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.078	3	5649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.7	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.248	25.849	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.697	15	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.874	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	387
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.185	1.429	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.186	1.427	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.243	2.133	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.241	2.135	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.495	1.98	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.495	1.98	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.521	2.725	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.098	11.475	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.096	11.475	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8550	0.15
1	2	B	8550	0.15
2	1	A	8894	0.12
2	2	C	8894	0.12
3	1	A	8708	0.14
3	2	D	8708	0.14
4	1	B	8460	0.16
4	2	C	8460	0.16
5	1	B	9496	0.12
5	2	D	9496	0.12
6	1	C	8544	0.15
6	2	D	8544	0.15

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	51	-
R_work	0.27	778	-
obs	-	-	92.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0663	0.8865	-0.5012	3.4953	0.5612	2.6632	-0.0329	-0.0698	-0.0547	-0.0725	0.0973	-0.0134	0.058	-0.0162	-0.0644	0.089	0.0074	-0.0075	0.0072	0.0004	0.0533	44.455	14.709	77.993
2	3.6781	0.2067	-0.8216	2.7875	0.0075	2.818	0.0284	-0.0811	-0.2801	0.0901	-0.0304	-0.0657	0.1595	0.1869	0.002	0.1159	0.0224	-0.0257	0.0414	-0.008	0.0615	26.02	2.939	57.517
3	3.5427	0.1079	0.8404	2.389	0.7486	2.791	-0.0761	-0.0103	0.0232	0.0077	0.0789	-0.0654	-0.1435	0.0158	-0.0028	0.1402	0.0044	-0.0261	0.0293	-0.0142	0.0764	54.382	-17.576	72.174
4	3.2805	0.3752	-0.1048	2.3204	-0.2844	2.9073	0.06	0.0025	0.1684	-0.0126	-0.0201	-0.0069	-0.1597	0.1247	-0.0399	0.0991	-0.0085	-0.021	0.0118	-0.0148	0.0484	35.822	-5.905	92.531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 76

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)