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Yorodumi- PDB-4rwr: 2.1 Angstrom Crystal Structure of Stage II Sporulation Protein D ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rwr | ||||||
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Title | 2.1 Angstrom Crystal Structure of Stage II Sporulation Protein D from Bacillus anthracis | ||||||
Components | Stage II sporulation protein D | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / stage II sporulation protein D / SpoIID / germination | ||||||
Function / homology | Sporulation stage II protein D, amidase enhancer LytB / Sporulation stage II protein D, amidase enhancer LytB N-terminal / Sporulation stage II, protein D firmicutes / Stage II sporulation protein / asexual sporulation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / Stage II sporulation protein D / Stage II sporulation protein D Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. ...Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2016 Title: Crystal Structures of the SpoIID Lytic Transglycosylases Essential for Bacterial Sporulation. Authors: Nocadello, S. / Minasov, G. / Shuvalova, L.S. / Dubrovska, I. / Sabini, E. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rwr.cif.gz | 230.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rwr.ent.gz | 194 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rwr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rwr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37055.449 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 32-339 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) Gene: BAS5136, BA_5528, DH23_5378, DJ42_3419, DJ44_3608, DJ45_519, DJ48_4453, DJ49_4581, GBAA_5528, spoIID Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 Magic / References: UniProt: Q81K14, UniProt: A0A6L7HNW1*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Protein: 6.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer, pH 8.3, 2mM N-Acetylglucosamine; Screen: Classics II (H7), 0.15M DL-Malic acid, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR ...Details: Protein: 6.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer, pH 8.3, 2mM N-Acetylglucosamine; Screen: Classics II (H7), 0.15M DL-Malic acid, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2014 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. all: 32915 / Num. obs: 32915 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1648 / Rsym value: 0.623 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→27.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 10.827 / SU ML: 0.149 Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.201 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.359 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→27.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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