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- PDB-4rvq: PWI-like domain of Chaetomium thermophilum Brr2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rvq
タイトルPWI-like domain of Chaetomium thermophilum Brr2
要素Pre-mRNA splicing helicase-like protein
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / PWI domain / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / protein-RNA interaction (RNA結合タンパク質) / pre-mRNA splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / 転写後修飾 / nucleic acid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily ...Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA splicing helicase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.135 Å
データ登録者Absmeier, E. / Rosenberger, L. / Santos, K.F. / Becke, C. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: A noncanonical PWI domain in the N-terminal helicase-associated region of the spliceosomal Brr2 protein.
著者: Absmeier, E. / Rosenberger, L. / Apelt, L. / Becke, C. / Santos, K.F. / Stelzl, U. / Wahl, M.C.
履歴
登録2014年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA splicing helicase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0049
ポリマ－16,3711
非ポリマー6338
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.846, 45.752, 27.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-741-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA splicing helicase-like protein


分子量: 16371.359 Da / 分子数: 1 / 断片: PWI-like domain (UNP residues 287-422) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: Brr2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: G0S0B9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3246.89
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.52 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法81.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, 0.01 M Cobalt chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBESSY 14.210.91841
シンクロトロンBESSY 14.221.59797
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2013年4月25日
MAR CCD 165 mm2CCD2013年6月4日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si-111 crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si-111 crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918411
21.597971
反射解像度: 1.135→42.79 Å / Num. all: 54190 / Num. obs: 54190 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.14→1.2 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.135→26.764 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 14.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1458 2705 5 %
Rwork0.1243 --
obs0.1254 54082 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.135→26.764 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1018 0 36 224 1278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4771638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.22485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1352-1.15580.18161140.17712159X-RAY DIFFRACTION79
1.1558-1.17810.19141440.17872735X-RAY DIFFRACTION99
1.1781-1.20210.18431450.16652738X-RAY DIFFRACTION100
1.2021-1.22820.23331400.19242677X-RAY DIFFRACTION99
1.2282-1.25680.21311440.1842752X-RAY DIFFRACTION99
1.2568-1.28820.17991430.17532696X-RAY DIFFRACTION98
1.2882-1.32310.17731430.15752712X-RAY DIFFRACTION98
1.3231-1.3620.16721430.13342734X-RAY DIFFRACTION100
1.362-1.4060.15731440.13192733X-RAY DIFFRACTION99
1.406-1.45620.14741430.12622707X-RAY DIFFRACTION99
1.4562-1.51450.16651440.11942722X-RAY DIFFRACTION98
1.5145-1.58340.12031430.10232715X-RAY DIFFRACTION99
1.5834-1.66690.12551450.09612762X-RAY DIFFRACTION100
1.6669-1.77130.12041460.09682768X-RAY DIFFRACTION100
1.7713-1.90810.1271440.09612741X-RAY DIFFRACTION99
1.9081-2.10.12491420.10462711X-RAY DIFFRACTION97
2.1-2.40370.12391440.09772735X-RAY DIFFRACTION99
2.4037-3.02770.14821470.1162802X-RAY DIFFRACTION100
3.0277-26.77140.13661470.13292778X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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