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Yorodumi- PDB-4rq9: Crystal structure of the chromophore-binding domain of Stigmatell... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rq9 | ||||||
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Title | Crystal structure of the chromophore-binding domain of Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome (Thr289His mutant) in the Pr state | ||||||
Components | Photoreceptor-histidine kinase BphP | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / bacteriophytochrome / phytochrome / biliverdin / myxobacteria / PAS / GAF / light-mediated signal transduction | ||||||
Function / homology | Function and homology information detection of visible light / histidine kinase / photoreceptor activity / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Stigmatella aurantiaca (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Woitowich, N.C. / Halavaty, A.S. / Gallagher, K.D. / Nugent, A.C. / Patel, H. / Duong, P. / Kovaleva, S.E. / St.Peter, S. / Ozarowski, W.B. / Hernandez, C.N. / Stojkovic, E.A. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of the chromophore-binding domain of Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome (Thr289His mutant) in the Pr state Authors: Woitowich, N.C. / Halavaty, A.S. / Gallagher, K.D. / Nugent, A.C. / Patel, H. / Duong, P. / Kovaleva, S.E. / St.Peter, S. / Ozarowski, W.B. / Hernandez, C.N. / Stojkovic, E.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rq9.cif.gz | 149.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rq9.ent.gz | 116.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rq9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/4rq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/4rq9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4rpw S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 38850.969 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-328 / Mutation: T289H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Stigmatella aurantiaca (bacteria) / Strain: DW4/3-1 / Gene: STAUR_8015, STIAU_3396 / Plasmid: pET28c+ / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q097N3 |
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-Non-polymers , 5 types, 196 molecules
#2: Chemical | ChemComp-BLA / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-SRT / | ||
#4: Chemical | ChemComp-EDO / | ||
#5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.28 Å3/Da / Density % sol: 80.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: protein: 25-28 mg ml-1 in 10 mM Tris HCl (pH 8.0) and 10 mM NaCl. crystallization conditions: 260 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 35% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2011 / Details: mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→30 Å / Num. all: 33975 / Num. obs: 33975 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1682 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4RPW 4rpw Resolution: 2.5→29.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 7.222 / SU ML: 0.084 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.134 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.772 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→29.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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