PDB-4rpb: Crystal Structure of P Domain of Snow Mountain Norovirus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rpb

タイトル

Crystal Structure of P Domain of Snow Mountain Norovirus

要素

Capsid protein VP1

カプシド

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Virus internalization /

HBGA / Virus Surface

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein /

Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

NOROVIRUS HU/GII.2/KL109/1978/MYS (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Msphere / 年: 2016
タイトル: Structural Constraints on Human Norovirus Binding to Histo-Blood Group Antigens.
著者: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 2.0	2022年8月24日	Group: Atomic model / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _atom_site.occupancy / _citation.journal_abbrev ..._atom_site.occupancy / _citation.journal_abbrev / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rpb.cif.gz	506.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rpb.ent.gz	426.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rpb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/4rpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/4rpb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4roxC 4rpdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pa2-2 3onu-2 3ony-5 3ony-4 3pa1-3 3ony-3 2obs-d 3pa1-2 3x1z-d 4i1s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

B: Capsid protein VP1

C: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

102 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	166.640, 96.170, 64.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-848- HOH

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 / カプシド分子量: 34011.113 Da / 分子数: 3 / 断片: P Domain residues 225-532 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) NOROVIRUS HU/GII.2/KL109/1978/MYS (ノロウイルス) 遺伝子: VP1 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: K7X601
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% w/v PEG 2000, 0.1 M Tris pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979675
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979675 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→41.66 Å / Num. obs: 254153 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / R_merge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	'(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.61→41.66 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.82 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1816	12515	5 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.1659	250315	97.09 %
all	-	54818	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→41.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6860	0	28	690	7578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7141
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.063	9766
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.065	2576
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1093
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1295

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.6283	0.277	420	0.285	7901	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6283-1.6475	0.3018	394	0.2901	7738	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6475-1.6675	0.2948	414	0.2807	7769	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6675-1.6887	0.2827	419	0.2587	8022	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6887-1.7109	0.271	405	0.2489	7757	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7109-1.7343	0.2482	421	0.2446	7943	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7343-1.7591	0.2413	404	0.2281	7736	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7591-1.7853	0.2263	422	0.2136	7998	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7853-1.8132	0.2198	421	0.2086	7961	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8132-1.843	0.2059	426	0.1988	8066	X-RAY DIFFRACTION	97
1.843-1.8748	0.2028	415	0.1962	7813	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8748-1.9088	0.2473	405	0.1934	7774	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9088-1.9456	0.1931	423	0.1865	8050	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9456-1.9853	0.201	424	0.1682	7955	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9853-2.0284	0.1956	422	0.1711	8021	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0284-2.0756	0.1976	416	0.1689	7865	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0756-2.1275	0.1777	411	0.1591	7985	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1275-2.185	0.1713	420	0.1618	8018	X-RAY DIFFRACTION	98
2.185-2.2493	0.1737	412	0.1513	7872	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2493-2.3219	0.1835	428	0.1573	8058	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3219-2.4049	0.176	424	0.1526	7983	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4049-2.5012	0.1724	422	0.157	8007	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5012-2.615	0.1777	425	0.1627	8057	X-RAY DIFFRACTION	98
2.615-2.7529	0.1872	423	0.164	8050	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7529-2.9253	0.1611	428	0.1541	8093	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9253-3.1511	0.1866	424	0.1525	8008	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1511-3.468	0.1658	421	0.1563	8046	X-RAY DIFFRACTION	98
3.468-3.9695	0.1846	429	0.1579	8138	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9695-4.9999	0.1267	412	0.1218	7830	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9999-41.6739	0.1578	385	0.1542	7286	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.08	-0.3184	0.1383	1.9528	0.4413	2.2763	0.0429	0.0415	-0.0055	-0.1823	-0.0266	0.0352	0.0512	0.0184	-0.0113	0.2702	-0.0649	-0.0043	0.0965	0.0064	0.1936	40.0504	-8.0571	11.2008
2	0.5966	0.5336	0.2084	1.4553	-0.1783	1.6422	0.0812	-0.0596	-0.2342	0.0413	-0.0101	0.0094	0.6242	0.048	-0.0604	0.4161	-0.0214	0.0089	0.1141	0.0068	0.2559	45.5449	-22.9286	16.7075
3	0.9887	0.3734	-0.1555	1.4881	0.9721	1.2073	0.0566	0.0595	-0.2039	-0.2829	-0.0084	-0.0758	0.6201	0.3962	-0.0898	0.4583	-0.0086	0.0073	0.0994	-0.0075	0.2255	48.3401	-19.3471	9.169
4	1.1326	0.1209	0.0309	1.8173	0.1713	1.9664	-0.0141	0.1112	0.2099	-0.5537	0.0073	0.2555	-0.4259	-0.1473	-0.0306	0.4589	-0.0347	-0.0595	0.1111	0.0328	0.2449	36.3878	4.8252	5.1931
5	2.299	0.1516	0.7584	1.0613	0.3655	2.5387	0.0335	-0.0885	0.1327	0.0419	-0.0407	-0.0008	-0.1347	0.1171	0.0065	0.2048	-0.1131	0.017	0.1547	-0.0039	0.194	45.1206	-0.9477	31.4855
6	0.7853	0.3731	0.6272	1.1773	0.5721	1.5703	0.0681	-0.1439	0.0177	-0.0086	0.0131	-0.2549	-0.0534	0.7193	-0.0795	0.1734	-0.1234	0.0113	0.3416	0.0002	0.2549	59.5717	-3.9239	28.2471
7	1.4466	0.324	0.2033	1.485	0.1868	1.9804	0.1808	-0.4199	0.1174	0.2439	-0.2088	0.3014	0.085	-0.4532	-0.017	0.225	-0.1658	0.0662	0.3321	-0.0397	0.2421	30.0317	-6.2537	37.5254
8	1.4961	-0.6999	-0.6204	1.9127	0.3778	2.5142	-0.0417	-0.0665	-0.072	0.0618	0.0413	0.1344	-0.0367	-0.175	0.0019	0.0657	0.0403	0.0017	0.2981	0.0132	0.1949	77.5273	19.1437	10.128
9	1.4729	-0.0504	-0.9268	0.4561	0.3025	1.1231	-0.0769	-0.089	0.2239	0.0748	0.1327	0.1406	-0.608	-0.409	-0.1057	0.1956	0.133	0.0022	0.3367	0.008	0.2555	72.886	33.177	6.7994
10	1.7322	-0.2484	-0.1456	1.2689	0.1153	2.0282	-0.1889	-0.4486	-0.3263	0.2231	0.1928	-0.038	0.3632	0.2622	-0.0295	0.1589	0.1307	0.0079	0.3943	0.071	0.2397	89.76	8.8014	16.1598

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 305 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 306 through 376 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 377 through 416 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 417 through 532 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 225 through 330 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 331 through 416 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 417 through 532 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 225 through 330 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 331 through 416 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 417 through 532 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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