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- PDB-4rng: Crystal structure of a bacterial homologue of SWEET transporters -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rng
タイトルCrystal structure of a bacterial homologue of SWEET transporters
要素MtN3/saliva family
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SemiSWEET / MtN3 / Sugar Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #290 / Repeated motif present between transmembrane helices in cystinosin, yeast ERS1p, mannose-P-dolichol utilization defect 1, and other hypothetical proteins. / PQ-loop repeat / PQ loop repeat / Monooxygenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / MtN3/saliva family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermodesulfovibrio yellowstonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hu, Q. / Wang, J. / Yan, C. / Yan, N.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a bacterial homologue of SWEET transporters.
著者: Wang, J. / Yan, C. / Li, Y. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Yan, N. / Hu, Q.
履歴
登録2014年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MtN3/saliva family
B: MtN3/saliva family
C: MtN3/saliva family
D: MtN3/saliva family
E: MtN3/saliva family
F: MtN3/saliva family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,23817
ポリマ－64,1406
非ポリマー2,09911
水0
1
A: MtN3/saliva family
C: MtN3/saliva family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0256
ポリマ－21,3802
非ポリマー6454
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area8580 Å2
手法PISA
2
B: MtN3/saliva family
D: MtN3/saliva family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6685
ポリマ－21,3802
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
3
E: MtN3/saliva family
F: MtN3/saliva family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5466
ポリマ－21,3802
非ポリマー1,1664
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
4
A: MtN3/saliva family
C: MtN3/saliva family
ヘテロ分子

B: MtN3/saliva family
D: MtN3/saliva family
E: MtN3/saliva family
F: MtN3/saliva family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,23817
ポリマ－64,1406
非ポリマー2,09911
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_445-x-1,y-1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16030 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area21410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.880, 96.155, 119.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
MtN3/saliva family


分子量: 10689.952 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermodesulfovibrio yellowstonii (バクテリア)
株: ATCC 51303 / DSM 11347 / YP87 / 遺伝子: THEYE_A1538 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5YGD6
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.2
詳細: 2% 3/4 EO/OH (Pentaerythritol ethoxylate), 0.1M Lithium sulphate, 0.1M Sodium citrate pH 5.2, Lipidic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 25032 / Num. obs: 23655 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4QNC

4qnc


解像度: 2.4→40 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1 / 位相誤差: 33.27 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2936 1123 4.77 %RANDOM
Rwork0.2509 ---
all-25032 --
obs-23655 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3872 0 135 0 4007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014068
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3125480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6641476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3864-2.51210.2431680.20961266X-RAY DIFFRACTION38
2.5121-2.66940.28941160.21152441X-RAY DIFFRACTION73
2.6694-2.87530.27841850.2313209X-RAY DIFFRACTION97
2.8753-3.16430.29951600.23733377X-RAY DIFFRACTION100
3.1643-3.62140.26731660.24693200X-RAY DIFFRACTION98
3.6214-4.55950.30511260.23912565X-RAY DIFFRACTION77
4.5595-28.26210.26711600.23893521X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.3563 Å / Origin y: -98.8653 Å / Origin z: 30.9782 Å
111213212223313233
T0.213 Å2-0.0099 Å2-0.1128 Å2-0.188 Å2-0.0247 Å2--0.1683 Å2
L0.8883 °20.0436 °20.0186 °2-1.1104 °20.0479 °2--0.111 °2
S0.0129 Å °-0.0404 Å °0.0022 Å °0.0042 Å °-0.0219 Å °-0.0032 Å °0.0643 Å °-0.0175 Å °-0.0211 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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