+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ri0 | ||||||
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Title | Serine Protease HtrA3, mutationally inactivated | ||||||
Components | Serine protease HTRA3 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / structural genomics / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / National Science Center - Poland / protease | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of BMP signaling pathway / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine endopeptidases / serine-type peptidase activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.272 Å | ||||||
Authors | Osipiuk, J. / Glaza, P. / Wenta, T. / Lipinska, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2015 Title: Structural and Functional Analysis of Human HtrA3 Protease and Its Subdomains. Authors: Glaza, P. / Osipiuk, J. / Wenta, T. / Zurawa-Janicka, D. / Jarzab, M. / Lesner, A. / Banecki, B. / Skorko-Glonek, J. / Joachimiak, A. / Lipinska, B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ri0.cif.gz | 289 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ri0.ent.gz | 237.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ri0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4ri0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4ri0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3nziS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Details | biological unit is the same as asymmetric unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 36312.293 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: Residues 130-453 / Mutation: S305A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HTRA3, PRSP / Plasmid: pET-coco2 modified / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)del_clpP References: UniProt: P83110, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine endopeptidases #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 1 M potassium/sodium phosphate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 13, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.27→40.76 Å / Num. all: 18953 / Num. obs: 18953 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 109.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.195 / Net I/σ(I): 8.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3NZI Resolution: 3.272→40.758 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / Phase error: 24.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 235.04 Å2 / Biso mean: 112.6819 Å2 / Biso min: 61.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.272→40.758 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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