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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rgk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Putative Phytanoyl-CoA Dioxygenase Family Protein YbiU from Yersinia pestis | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / Chicago Center for Functional Annotation / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta fold / beta-barrel (Βバレル) | ||||||
機能・相同性 | Gig2-like / Gig2-like / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta / DUF1479 domain-containing protein / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Putative Phytanoyl-CoA Dioxygenase Family Protein YbiU from Yersinia pestis 著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rgk.cif.gz | 180.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rgk.ent.gz | 150.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rgk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47516.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: y1506, YPO2976, YP_2601 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 gold / 参照: UniProt: Q7CJE8, UniProt: A0A2U2H2N4*PLUS | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 1.2M monosodium dihydrogen phosphate/0.8 M dipotasium monohydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochormator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 25801 / Num. obs: 25801 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 25.07 Å2 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 9.06 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 1135 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 88.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→47.711 Å / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.711 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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