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- PDB-4rg7: Crystal structure of APC3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rg7
タイトルCrystal structure of APC3
要素Cell division cycle protein 27 homolog細胞周期
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Symmetric homodimer / TPR fplding / Protein assembly (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / protein K11-linked ubiquitination ...Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / protein K11-linked ubiquitination / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / regulation of mitotic cell cycle / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / 紡錘体 / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / spindle / Separation of Sister Chromatids / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / protein phosphatase binding / protein ubiquitination / 細胞分裂 / 中心体 / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle protein 27 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Yamaguchi, M. / Yu, S. / Miller, D.J. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of an APC3-APC16 Complex: Insights into Assembly of the Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome.
著者: Yamaguchi, M. / Yu, S. / Qiao, R. / Weissmann, F. / Miller, D.J. / VanderLinden, R. / Brown, N.G. / Frye, J.J. / Peters, J.M. / Schulman, B.A.
履歴
登録2014年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division cycle protein 27 homolog
B: Cell division cycle protein 27 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7852
ポリマ－127,7852
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area41940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.408, 118.408, 273.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Cell division cycle protein 27 homolog / 細胞周期 / Anaphase-promoting complex subunit 3 / APC3 / CDC27 homolog / CDC27Hs / H-NUC


分子量: 63892.691 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-180, 447-824 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30260

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES, pH 6.0, 0.2M magnesium chloride, 8% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.25→50 Å / Num. obs: 15458 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.119
反射 シェル解像度: 4.25→4.4 Å / Rsym value: 0.826 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.25→49.666 Å / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2823 765 5.03 %RANDOM
Rwork0.2548 ---
obs0.256 15211 99.57 %-
all-15458 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.25→49.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6066 0 0 0 6066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2438529
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4091748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.25-4.57840.34151490.30032883X-RAY DIFFRACTION100
4.5784-5.03870.30221660.29922866X-RAY DIFFRACTION100
5.0387-5.76690.33671490.32622874X-RAY DIFFRACTION99
5.7669-7.2620.34971670.30082900X-RAY DIFFRACTION100
7.262-49.6690.21361340.19862923X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.59860.6198-0.287210.10921.56769.31870.0357-0.68771.25840.1160.1915-0.56120.81941.1704-0.30870.9909-0.2181-0.09811.4355-0.14371.027718.97318.1707-18.3317
24.1435-1.2008-1.04946.38-1.08097.55840.03580.1597-0.3243-0.9223-0.0206-0.34850.26531.112-0.40421.31060.04630.00371.2124-0.16170.91999.0705-3.1276-21.8179
35.29411.4481-2.63987.19690.99757.21850.37840.33010.5967-0.8846-0.6728-0.9814-0.3904-0.83780.25681.33720.14670.29641.2754-0.00241.2459-3.0629-9.6692-4.4089
46.5531-2.45163.68784.4447-4.17273.5675-0.0994-0.67260.27790.370.10460.55950.0832-0.5166-0.10941.05310.04660.05371.0281-0.12320.9272-14.56555.2026-3.1976
57.4924-0.25213.20212.63261.24265.76680.28390.76470.10030.2387-0.18060.39721.2795-1.014-0.07281.3035-0.3538-0.06871.15740.07260.9295-20.62495.5922-20.5426
66.6519-5.8086.09347.2905-7.44987.30853.5432-1.8345-0.6062-1.6216-0.91394.63953.2393-3.8501-1.90692.4389-0.8484-0.63742.27840.00872.8525-35.0659-10.9288-22.227
74.7553-1.9091-0.17027.2999-1.53459.2696-1.3248-0.23940.0804-0.42771.0114-0.19122.2878-1.4215-0.21331.73-0.2239-0.27511.51380.09951.3607-27.8214-20.8828-12.8248
86.4056-0.8572-3.37446.01533.71386.5182-0.1036-0.3126-0.225-0.5642-0.18150.7407-0.7560.91440.33031.17780.0674-0.17660.8597-0.22821.0718.57099.08260.1078
92.85740.3575-2.57578.1682-1.84794.4352-0.4444-1.75291.55181.17110.78630.234-3.51122.9773-0.44112.3415-0.80330.00232.1223-0.1821.339114.436928.86378.7961
100.28330.8517-0.40252.6876-0.70930.12170.15690.43490.74520.9812-0.6343-0.6402-0.65030.4930.04191.5078-0.47910.43362.3266-0.25661.222424.857636.3088-2.0344
119.04650.7469-0.83934.7382-0.62465.84060.05160.37440.9174-0.4565-0.0592-1.0112-1.13710.6589-0.10981.7478-0.6427-0.08761.6781-0.00351.437925.156641.0441-17.4064
125.942-2.0932-0.54924.80741.79245.6153-0.14770.19630.5746-1.02610.54081.7499-0.7949-0.0361-0.27732.2136-0.2831-0.19521.4950.26432.0814.103546.7599-17.087
135.50640.0808-3.52172.6995-4.81251.97892.8246-0.13762.902-0.37361.36721.6579-4.9013-2.3138-3.43472.7614-0.08230.08931.61040.60454.23267.468869.5805-13.8028
148.6830.9102-4.82186.0750.14439.05011.898-2.1852.74351.01290.42521.2146-3.87052.4613-1.26492.6031-0.53130.66562.0423-0.54733.064421.632869.0848-15.7528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 5:92 )A5 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 93:171 )A93 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 464:504 )A464 - 504
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 505:572 )A505 - 572
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 573:687 )A573 - 687
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 688:738 )A688 - 738
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 739:774 )A739 - 774
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 6:81 )B6 - 81
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 82:144 )B82 - 144
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 145:171 )B145 - 171
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 465:534 )B465 - 534
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 535:686 )B535 - 686
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 687:724 )B687 - 724
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 725:774 )B725 - 774

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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