PDB-4rc1: Structure of the methanofuran/methanopterin biosynthetic enzyme M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rc1

タイトル

Structure of the methanofuran/methanopterin biosynthetic enzyme MJ1099 from Methanocaldococcus jannaschii with PRPP

要素

UPF0264 protein MJ1099

キーワード

UNKNOWN FUNCTION /

methanopterin (テトラヒドロメタノプテリン) / dihydromethanopterin reductase / flavin / protein cage

機能・相同性

(5-formylfuran-3-yl)methyl phosphate synthase / (5-formylfuran-3-yl)methyl phosphate synthase / (5-formylfuran-3-yl)methyl phosphate synthase, archaea / 4-HFC-P synthase / methanofuran biosynthetic process / carbon-carbon lyase activity / Ribulose-phosphate binding barrel /

リン酸塩 / (5-formylfuran-3-yl)methyl phosphate synthase

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bobik, T.A. / Morales, E.J. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Rasche, M.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Structure of the methanofuran/methanopterin-biosynthetic enzyme MJ1099 from Methanocaldococcus jannaschii.
著者: Bobik, T.A. / Morales, E.J. / Shin, A. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Arbing, M. / Yeates, T.O. / Rasche, M.E.

履歴

登録	2014年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rc1.cif.gz	811.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rc1.ent.gz	685 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rc1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u9pSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u9p-1 2bm8-1 2bo7-3 1u2z-d 2bo7-1 2br4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UPF0264 protein MJ1099

B: UPF0264 protein MJ1099

C: UPF0264 protein MJ1099

D: UPF0264 protein MJ1099

E: UPF0264 protein MJ1099

F: UPF0264 protein MJ1099

G: UPF0264 protein MJ1099

H: UPF0264 protein MJ1099

I: UPF0264 protein MJ1099

ヘテロ分子

235 kDa, 9 ポリマー
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1

A: UPF0264 protein MJ1099

C: UPF0264 protein MJ1099

D: UPF0264 protein MJ1099

ヘテロ分子

A: UPF0264 protein MJ1099

C: UPF0264 protein MJ1099

D: UPF0264 protein MJ1099

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
157 kDa, 6 ポリマー
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2

B: UPF0264 protein MJ1099

E: UPF0264 protein MJ1099

F: UPF0264 protein MJ1099

G: UPF0264 protein MJ1099

H: UPF0264 protein MJ1099

I: UPF0264 protein MJ1099

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
157 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	144.870, 153.030, 132.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.970, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	UPF0264 protein MJ1099 分子量: 26092.266 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ1099 / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58499
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.0M (NH4)2 SO4, 20 mM Tris HCl pH 8, 100 mM NaCl, 5% glycerol and 4 mM DTT, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0393 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0393 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→65 Å / Num. obs: 102609 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 77.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.025 / Net I/σ(I): 9.17

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.47	0.588	2.07	25747	7412	1	96.5
2.47-2.53	0.464	2.57	26827	7449	1	99.1
2.53-2.61	0.398	2.96	25792	7194	1	99.2
2.61-2.69	0.336	3.4	25053	7034	1	99.1
2.69-2.78	0.247	4.34	24091	6826	1	98.6
2.78-2.87	0.182	5.49	22576	6554	1	99.2
2.87-2.98	0.143	6.32	19936	6234	1	97.4
2.98-3.1	0.125	7.91	21380	6111	1	98.8
3.1-3.24	0.105	9.7	21391	5865	1	99.2
3.24-3.4	0.09	11.13	20359	5632	1	99
3.4-3.58	0.077	13.14	18889	5308	1	99
3.58-3.8	0.07	14.56	17391	5015	1	98.4
3.8-4.06	0.065	15.35	15902	4707	1	97.9
4.06-4.39	0.061	15.72	13234	4259	1	94.7
4.39-4.81	0.062	17.53	14023	4033	1	98.3
4.81-5.37	0.061	17.98	12991	3670	1	99
5.37-6.21	0.062	17.48	11473	3279	1	99.1
6.21-7.6	0.058	18.13	9406	2754	1	98.8
7.6-10.75	0.056	18.65	6835	2070	1	95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4U9P

4u9p

解像度: 2.4→65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9556 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9412 / SU R Cruickshank DPI: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2105	5118	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1929	-	-	-
obs	0.1938	102608	98.06 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 232.69 Å² / B_iso mean: 103.36 Å² / B_iso min: 39.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.3409 Å²	0 Å²	2.569 Å²
2-	-	-5.818 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.4771 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.518 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16051	0	30	150	16231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	5853	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	391	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2355	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	16315	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	2192	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	18870	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	16315	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	22054	HARMONIC	2	1.19
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.01
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				18.27

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2824	341	4.87 %
R_work	0.2336	6661	-
all	0.2358	7002	-
obs	-	-	98.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1164	0.3939	-1.6949	2.0543	-0.167	2.3733	-0.0836	-0.134	-0.2063	0.3075	-0.0412	0.0216	-0.0105	0.0118	0.1248	-0.0523	0.0685	-0.0133	-0.1006	0.0661	-0.0709	-20.345	-40.4995	24.0623
2	1.6563	0.1575	-0.1927	2.3129	-1.2213	2.1116	0.0899	-0.0671	-0.0579	0.5569	-0.1755	0.1717	0.0838	-0.1851	0.0856	0.2348	-0.0703	0.1371	-0.1868	-0.0379	-0.0961	-39.9771	-53.2899	54.6939
3	3.4507	0.2624	-1.8019	2.2039	-0.3928	2.3262	0.4498	0.7329	0.8165	-0.263	0.2575	0.3727	-0.666	-0.7184	-0.7073	-0.0364	0.2074	0.1247	-0.1568	0.2985	-0.0773	-16.8253	-13.5835	-3.9182
4	3.4188	-0.3517	-1.6312	2.2847	0.5427	2.1622	-0.6078	0.8041	-0.89	-0.2784	0.0124	0.4073	0.5698	-0.6542	0.5954	-0.0599	-0.2284	0.1586	-0.1915	-0.2464	-0.0302	-19.2852	-63.6308	-3.1808
5	2.083	0.3926	0.1897	2.844	-0.7161	2.5561	0.279	0.0609	0.7792	0.9517	0.0893	0.5505	-0.8777	-0.519	-0.3683	0.3295	0.2921	0.4333	-0.359	0.0784	0.1707	-46.9521	-16.3483	44.8875
6	2.4844	0.0222	-0.0245	1.7335	-0.3574	2.2862	0.1023	0.8311	0.2285	0.0453	0.1457	0.5213	-0.2444	-0.8384	-0.248	-0.4014	0.2082	0.0362	0.2645	0.2964	0.0626	-55.4394	-28.9813	13.6291
7	3.8124	0.0342	-0.4414	1.4255	-0.7213	3.2834	-0.2198	-0.2161	-0.1297	0.6208	0.462	0.5181	-0.5085	-1.1484	-0.2422	0.0992	0.123	0.464	0.2158	0.153	0.0124	-72.8062	-52.1176	68.1585
8	7.4883	-0.8817	-0.1203	3.2782	-0.4511	2.181	0.0069	-0.0401	0.2324	0.1535	0.0356	0.9237	-0.2369	-1.1843	-0.0425	-0.7872	0.2424	0.1404	0.6079	0.2115	-0.2025	-91.8876	-30.1511	27.4252
9	1.8691	0.6875	-0.3278	2.8975	-1.6712	2.5493	0.1975	-0.0791	-0.5214	-0.3364	0.5994	1.038	0.974	-1.2057	-0.7969	-0.6485	-0.3956	0.0296	0.3643	0.1682	0.166	-85.2631	-63.7259	33.1178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	-5 - 235
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	-6 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	0 - 235
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	-6 - 235
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	0 - 235
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	-2 - 235
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	0 - 235
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }	H	0 - 235
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }	I	0 - 235

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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