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万見
- PDB-4ras: Reductive dehalogenase structure suggests a mechanism for B12-dep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ras
タイトルReductive dehalogenase structure suggests a mechanism for B12-dependent dehalogenation
要素Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein酸化還元酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ferrodoxin and cobalamin-binding domain / Reductive dehalogenase / iron sulfur binding / cobalamin binding (コバラミン)
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Reductive dehalogenase domain / Reductive dehalogenase subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
コバラミン / 鉄・硫黄クラスター / Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nitratireductor pacificus pht-3B (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Quezada, C.P. / Payne, K.A.P. / Leys, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Reductive dehalogenase structure suggests a mechanism for B12-dependent dehalogenation.
著者: Payne, K.A. / Quezada, C.P. / Fisher, K. / Dunstan, M.S. / Collins, F.A. / Sjuts, H. / Levy, C. / Hay, S. / Rigby, S.E. / Leys, D.
履歴
登録2014年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
B: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
C: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,57618
ポリマ－232,2993
非ポリマー6,27615
水5,062281
1
A: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5256
ポリマ－77,4331
非ポリマー2,0925
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5256
ポリマ－77,4331
非ポリマー2,0925
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5256
ポリマ－77,4331
非ポリマー2,0925
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
C: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,05012
ポリマ－154,8662
非ポリマー4,18410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8230 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area48610 Å2
手法PISA
5
A: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子

A: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,05012
ポリマ－154,8662
非ポリマー4,18410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_758-x+2,y,-z+31
Buried area8530 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area48880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.340, 171.510, 109.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA1 - 6971 - 697
21ALAALABB1 - 6971 - 697
12SERSERAA1 - 6961 - 696
22SERSERCC1 - 6961 - 696
13SERSERBB1 - 6961 - 696
23SERSERCC1 - 6961 - 696

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein / 酸化還元酵素 / Reductive dehalogenase


分子量: 77433.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitratireductor pacificus pht-3B (バクテリア)
遺伝子: NA2_14372 / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア) / 参照: UniProt: K2MB66

-
非ポリマー , 5種, 296分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN / コバラミン


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1M sodium cacodylate, 8% PEG 20K 8 % PEG 550 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→76.9 Å / Num. all: 133721 / Num. obs: 133721 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 34001 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→76.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 12.413 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20658 6966 5 %RANDOM
Rwork0.18119 ---
all0.18244 133721 --
obs0.18244 133721 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.118 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.01 Å20 Å2-1.38 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----4.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→76.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15828 0 327 281 16436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01916572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0215618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0661.99622772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.636335826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47152075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41822.596728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.071152624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.06215180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.22399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02119185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A428800.02
12B428800.02
21A424090.03
22C424090.03
31B420670.03
32C420670.03
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 510 -
Rwork0.312 9993 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42850.19120.14460.1770.09560.7051-0.02770.0175-0.0337-0.0560.029-0.0259-0.09980.0314-0.00130.3372-0.02440.06250.0064-0.00850.2476156.87741.955135.071
20.2365-0.37160.25210.8188-0.2940.5774-0.0228-0.0066-0.03450.0740.06540.0401-0.01530.0127-0.04260.37130.13530.05080.12830.02390.2773200.3980.049114.123
30.4535-0.1388-0.05461.1589-0.29980.9782-0.1143-0.12830.01870.2160.04950.0456-0.2330.08210.06470.59430.2520.01060.2532-0.00270.3116195.6475.614167.588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 698
2X-RAY DIFFRACTION1A801 - 803
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 697
4X-RAY DIFFRACTION2B801 - 803
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 696
6X-RAY DIFFRACTION3C801 - 803

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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