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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r93 | ||||||
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タイトル | BACE-1 in complex with (R)-4-(2-cyclohexylethyl)-1-methyl-5-oxo-4-(((1S,3R)-3-(3-phenylureido)cyclohexyl)methyl)imidazolidin-2-iminium | ||||||
要素 | Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1 | ||||||
キーワード | Hydrolase/Hydrolase inhibitor / Aspartic Protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 小胞体 / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.71 Å | ||||||
データ登録者 | Orth, P. / Strickland, C. / Caldwell, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014 タイトル: Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors. 著者: Caldwell, J.P. / Mazzola, R.D. / Durkin, J. / Chen, J. / Chen, X. / Favreau, L. / Kennedy, M. / Kuvelkar, R. / Lee, J. / McHugh, N. / McKittrick, B. / Orth, P. / Stamford, A. / Strickland, C. ...著者: Caldwell, J.P. / Mazzola, R.D. / Durkin, J. / Chen, J. / Chen, X. / Favreau, L. / Kennedy, M. / Kuvelkar, R. / Lee, J. / McHugh, N. / McKittrick, B. / Orth, P. / Stamford, A. / Strickland, C. / Voigt, J. / Wang, L. / Zhang, L. / Zhang, Q. / Zhu, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4r93.cif.gz | 180.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4r93.ent.gz | 148.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4r93.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r93 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46249.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 41-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 200mM K/Na tatrate, 100mM Hepes, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.71→20 Å / Num. all: 109961 / Num. obs: 109796 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 8.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.71→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9542 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9382 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso max: 88.14 Å2 / Biso mean: 19.1516 Å2 / Biso min: 5.87 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.179 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→19.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
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