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- PDB-4r86: Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r86 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD from Salmonella typhimurium | ||||||
![]() | RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD from Salmonella typhimurium Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 230.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 195.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33111.418 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: AcrD domain of UNP residues 35-334 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: LT2 / Gene: acrD, STM2481 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ChemComp-EDO / | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.94 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 47.1 % w/v PEG 1000, 150 mM Tris pH 8.0, 30 mM Potassium Bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 19, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. all: 14557 / Num. obs: 14557 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.07 Å / Redundancy: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 875 / Rsym value: 0.775 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.001→45.584 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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