[日本語] English
万見
- PDB-4r6y: Crystal structure of solute-binding protein stm0429 from salmonel... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r6y
タイトルCrystal structure of solute-binding protein stm0429 from salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2, target efi-510776, a closed conformation, in complex with glycerol and acetate
要素Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TRANSPORTER (運搬体タンパク質) / SBP-TYPE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / Enzyme Function Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine binding / thiamine transport / thiamine pyrophosphate binding / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Putative 2-aminoethylphosphonate binding protein, ABC transporter / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Transporter STM0429 from Salmonella Enterica
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Chamala, S. / Scott glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al obaidi, N. / Chamala, S. / Scott glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7353
ポリマ－34,5841
非ポリマー1512
水9,386521
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.185, 67.601, 77.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein


分子量: 34583.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
遺伝子: phnS, STM0429 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96062
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.04 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PROTEIN: 10 MM BIS-TRIS, 500 MM NACL, 5% GLYCEROL, 5 MM DTT, TEV PROTEASE (1:100); RESERVOIR: 0.17 M AMMONIUM ACETATE, 0.085 M SODIUM CITRATE:HCL, PH 5.6, 25% PEG4000, 15% GLYCEROL; VAPOR ...詳細: PROTEIN: 10 MM BIS-TRIS, 500 MM NACL, 5% GLYCEROL, 5 MM DTT, TEV PROTEASE (1:100); RESERVOIR: 0.17 M AMMONIUM ACETATE, 0.085 M SODIUM CITRATE:HCL, PH 5.6, 25% PEG4000, 15% GLYCEROL; VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→50 Å / Num. obs: 85094 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.22→1.24 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 77.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.22→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.193 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14781 2576 3 %RANDOM
Rwork0.11367 ---
obs0.11469 82436 97.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å2-0 Å20 Å2
2--1.14 Å2-0 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2430 0 10 521 2961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022552
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9141.9483481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.34735570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4565336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.13225.405111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.24515421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.812159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0541.1611294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0431.161292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5851.971622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5871.9721623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3751.3741258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3721.3741259
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8012.2071852
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.696.5813531
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.2136.0363165
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.28734965
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.491593
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.64355342
LS精密化 シェル解像度: 1.219→1.251 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 154 -
Rwork0.209 4864 -
obs--78.57 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る