PDB-4r33: X-ray structure of the tryptophan lyase NosL with Tryptophan and ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r33

タイトル

X-ray structure of the tryptophan lyase NosL with Tryptophan and S-adenosyl-L-homocysteine bound

要素

NosL

キーワード

LYASE (リアーゼ) / Radical SAM enzyme/beta-alpha barrel / tryptophan lyase / Fe4S4 cluster and S-adenosyl-L-methionine

機能・相同性

機能・相同性情報

4 iron, 4 sulfur cluster binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces actuosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Nicolet, Y. / Zeppieri, L. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.-C.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Tryptophan Lyase (NosL): Evidence for Radical Formation at the Amino Group of Tryptophan.
著者: Nicolet, Y. / Zeppieri, L. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.C.

履歴

登録	2014年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r33.cif.gz	339.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r33.ent.gz	275.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r34C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r34-1 6htm-2 6hto-d 6htk-1 4r34-2 6htm-1 6htk-2 6mm8-d 7ajk-d 5oth-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NosL

B: NosL

ヘテロ分子

96.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: NosL

ヘテロ分子

A: NosL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: NosL

ヘテロ分子

B: NosL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.720, 47.230, 114.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.71, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-666- HOH
2	1	B-745- HOH
3	1	B-767- HOH
4	1	B-789- HOH
5	1	B-1041- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	NosL 分子量: 46833.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces actuosus (バクテリア) 株: Streptomyces actuosus / 遺伝子: nosL / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6FX51

-
非ポリマー , 8種, 756分子

#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 14-20% PEG 3350; 200 mM KBr; 1 mM Tryptophan; 15 mg/mL protein, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月15日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→47.23 Å / Num. all: 180436 / Num. obs: 179387 / % possible obs: 0.996 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.78→1.89 Å / % possible all: 0.983

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→47.23 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 18.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1813	8974	5 %
R_work	0.1586	-	-
obs	0.1597	179387	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→47.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5980	0	127	741	6848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6361
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.156	8659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.504	2379
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	949
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1140

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.8002	0.3192	284	0.2924	5580	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8002-1.8214	0.2664	310	0.2685	5779	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8214-1.8436	0.2814	294	0.2579	5527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8436-1.8669	0.2604	303	0.2465	5698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8669-1.8915	0.2807	307	0.2292	5849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8915-1.9174	0.2512	285	0.2288	5535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9174-1.9448	0.2524	301	0.2142	5757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9448-1.9738	0.226	301	0.2142	5739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9738-2.0047	0.2507	297	0.2009	5592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0047-2.0375	0.2291	301	0.2065	5701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0375-2.0727	0.2016	299	0.1852	5651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0727-2.1104	0.1986	294	0.1739	5675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1104-2.151	0.1977	303	0.1763	5792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.1949	0.2079	300	0.1652	5595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1949-2.2426	0.1763	307	0.1614	5741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2426-2.2948	0.1968	300	0.1552	5632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2948-2.3521	0.2163	304	0.1591	5769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3521-2.4157	0.1737	302	0.1627	5596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4157-2.4868	0.1953	304	0.1556	5747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4868-2.5671	0.165	295	0.1472	5641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5671-2.6588	0.1602	299	0.1518	5666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6588-2.7653	0.2304	297	0.1545	5698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7653-2.8911	0.1688	295	0.1492	5676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8911-3.0435	0.1616	299	0.1422	5705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0435-3.2341	0.1733	298	0.1483	5652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2341-3.4838	0.1595	301	0.1383	5689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4838-3.8342	0.1284	298	0.1334	5698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8342-4.3887	0.145	295	0.1238	5702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3887-5.528	0.1485	301	0.1278	5664	X-RAY DIFFRACTION	99
5.528-47.2466	0.1675	300	0.1508	5667	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2679	-0.2334	-0.4291	0.3426	0.4104	2.8561	0.4584	-0.4127	0.1355	0.2455	-0.1445	-0.4906	-0.3504	0.8415	-0.3159	0.5349	-0.3309	0.0013	0.7449	-0.1235	0.4887	70.5482	63.2144	39.0793
2	3.4897	1.9419	-2.2755	1.9013	-1.1174	2.3589	-0.0447	-0.0155	-0.3611	0.0392	0.0869	-0.4545	-0.0712	0.37	-0.0756	0.3024	-0.0056	-0.0058	0.3913	-0.0594	0.2767	60.0499	49.9829	31.7062
3	0.8718	0.1168	-0.5933	0.6235	0.0863	1.27	0.2681	0.0315	0.2011	0.0316	-0.051	0.0595	-0.4909	-0.1179	-0.1757	0.4209	0.0383	0.0813	0.2228	0.0338	0.1769	33.2829	57.0771	43.9258
4	1.9343	0.0899	-1.059	2.5099	1.394	3.2469	0.2458	-0.4017	0.033	0.2933	-0.0708	-0.1832	-0.2954	0.4108	-0.1727	0.3872	-0.0421	0.0019	0.3034	0.0073	0.1475	43.003	52.2997	52.1881
5	1.6147	0.2034	-0.4035	1.2541	0.4702	1.6995	0.4761	-0.3825	0.3722	0.2617	-0.1118	-0.1423	-0.7912	0.5674	-0.3681	0.6044	-0.1812	0.1273	0.3764	-0.086	0.2946	51.8699	66.5819	46.8816
6	2.0142	0.2962	-0.6807	1.1734	0.4337	1.4785	0.2791	0.0031	0.2078	-0.0516	0.007	-0.1161	-0.5723	0.174	-0.271	0.415	-0.0476	0.0849	0.2632	-0.0228	0.1925	51.7087	60.0417	32.2004
7	1.3052	0.1448	-0.2737	3.0481	0.3554	2.1683	0.2795	0.3961	0.2846	-0.3575	-0.0448	0.161	-0.4307	-0.3943	-0.2058	0.4532	0.1351	0.0668	0.3151	0.0686	0.2079	31.4206	57.7829	30.5628
8	1.8422	-0.447	-0.8238	1.9324	0.8739	3.133	0.1259	0.1864	-0.1166	-0.0566	0.026	0.0403	-0.0995	-0.029	-0.1241	0.2444	0.0078	-0.0043	0.2348	0.0404	0.1473	42.2634	47.7192	29.9909
9	6.1661	0.3715	1.3498	1.5451	-0.2145	2.0381	0.0793	-0.5009	-0.2819	0.2352	0.1308	0.3847	-0.113	-0.4124	-0.187	0.2174	-0.0123	0.0444	0.3599	0.1097	0.2752	9.6835	36.5579	18.8658
10	1.7943	0.0351	0.0945	0.7201	-0.2513	0.5476	-0.0419	-0.0202	-0.0403	-0.0088	0.0282	0.0291	-0.0181	-0.0266	0.0231	0.0942	-0.0034	-0.0242	0.1325	-0.0207	0.1244	32.491	45.6704	0.424
11	2.7063	0.1481	0.3586	1.5005	0.4066	1.9984	0.0325	-0.2065	-0.4963	0.1019	-0.0183	0.0215	0.2019	-0.0399	-0.0045	0.1249	0.004	-0.001	0.1705	0.0514	0.2198	28.1283	33.037	9.6767
12	1.8041	0.0425	0.1295	0.7569	-0.161	1.0217	-0.0212	-0.009	-0.1932	-0.0162	0.0687	0.1921	0.062	-0.1304	-0.0339	0.1097	-0.0099	-0.0179	0.1715	0.0079	0.2253	16.2332	40.0081	3.1196
13	1.8205	-0.622	0.3715	1.8395	-0.479	1.041	-0.034	0.2503	0.0251	-0.2017	0.0501	0.1891	-0.0192	-0.0972	-0.0163	0.1246	-0.0294	-0.0421	0.2044	-0.0034	0.1778	23.5222	48.149	-9.8137

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 86 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 167 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 168 through 200 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 201 through 273 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 274 through 345 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 346 through 365 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 366 through 501 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 10 through 64 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 65 through 200 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 201 through 256 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 257 through 345 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 346 through 501 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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