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Yorodumi- PDB-4r33: X-ray structure of the tryptophan lyase NosL with Tryptophan and ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r33 | ||||||
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Title | X-ray structure of the tryptophan lyase NosL with Tryptophan and S-adenosyl-L-homocysteine bound | ||||||
Components | NosL | ||||||
Keywords | LYASE / Radical SAM enzyme/beta-alpha barrel / tryptophan lyase / Fe4S4 cluster and S-adenosyl-L-methionine | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces actuosus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Nicolet, Y. / Zeppieri, L. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.-C. | ||||||
Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2014 Title: Crystal Structure of Tryptophan Lyase (NosL): Evidence for Radical Formation at the Amino Group of Tryptophan. Authors: Nicolet, Y. / Zeppieri, L. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4r33.cif.gz | 339.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4r33.ent.gz | 275.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4r33.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r33 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 46833.590 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces actuosus (bacteria) / Strain: Streptomyces actuosus / Gene: nosL / Plasmid: pET-15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C6FX51 |
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-Non-polymers , 8 types, 756 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-NA / | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 14-20% PEG 3350; 200 mM KBr; 1 mM Tryptophan; 15 mg/mL protein, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 15, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→47.23 Å / Num. all: 180436 / Num. obs: 179387 / % possible obs: 0.996 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.89 Å / % possible all: 0.983 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78→47.23 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.16 / Phase error: 18.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→47.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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