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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qzz | ||||||
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Title | yCP in complex with Omuralide | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huber, E.M. / Heinemeyer, W. / Groll, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Bortezomib-Resistant Mutant Proteasomes: Structural and Biochemical Evaluation with Carfilzomib and ONX 0914. Authors: Huber, E.M. / Heinemeyer, W. / Groll, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 2 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4quxC ![]() 4quyC ![]() 4qv0C ![]() 4qv1C ![]() 4qv3C ![]() 4qv4C ![]() 4qv5C ![]() 4qv6C ![]() 4qv7C ![]() 4qv8C ![]() 4qv9C ![]() 4qvlC ![]() 4qvmC ![]() 4qvnC ![]() 4qvpC ![]() 4qvqC ![]() 4qvvC ![]() 4qvwC ![]() 4qvyC ![]() 4qw0C ![]() 4qw1C ![]() 4qw3C ![]() 4qw4C ![]() 4qw5C ![]() 4qw6C ![]() 4qw7C ![]() 4qwfC ![]() 4qwgC ![]() 4qwiC ![]() 4qwjC ![]() 4qwkC ![]() 4qwlC ![]() 4qwrC ![]() 4qwsC ![]() 4qwuC ![]() 4qwxC ![]() 4qxjC ![]() 4qz0C ![]() 4qz1C ![]() 4qz2C ![]() 4qz3C ![]() 4qz4C ![]() 4qz5C ![]() 4qz6C ![]() 4qz7C ![]() 4qzwC ![]() 4qzxC ![]() 4r00C ![]() 1rypS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Details | AU contains one biological assembly. |
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Components
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6 types, 12 molecules AOBPCQDRESGU
#1: Protein | ![]() Mass: 27191.828 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P23639, ![]() #2: Protein | ![]() Mass: 28748.230 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P23638, ![]() #3: Protein | ![]() Mass: 28478.111 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P40303, ![]() #4: Protein | ![]() Mass: 28649.086 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P32379, ![]() #5: Protein | ![]() Mass: 25634.000 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P40302, ![]() #7: Protein | ![]() Mass: 28033.830 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P21243, ![]() |
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-Protein , 1 types, 2 molecules FT
#6: Protein | Mass: 31575.068 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P21242, ![]() |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7 types, 14 molecules HVIWJXKYLZMaNb
#8: Protein | ![]() Mass: 25114.459 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P25043, ![]() #9: Protein | ![]() Mass: 22627.842 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P25451, ![]() #10: Protein | ![]() Mass: 22545.676 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P22141, ![]() #11: Protein | ![]() Mass: 23325.248 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: PRE2, DOA3, PRG1, YPR103W, P8283.10 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P30656, ![]() #12: Protein | ![]() Mass: 24883.928 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P23724, ![]() #13: Protein | ![]() Mass: 27200.893 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P30657, ![]() #14: Protein | ![]() Mass: 21517.186 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P38624, ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 346 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SLA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SLA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#15: Chemical | ChemComp-MG / #16: Chemical | ChemComp-CL / ![]() #17: Chemical | ChemComp-SLA / #18: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.52 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.8 Details: 20 MM MGAC2, 13% MPD, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2013 |
Radiation | Monochromator: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.9→30 Å / Num. all: 237133 / Num. obs: 214131 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 12.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 92.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1RYP Resolution: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 27.976 / SU ML: 0.224 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.314 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.943 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.972 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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