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Yorodumi- PDB-4qya: Crystal structure of human transthyretin variant V30M in complex ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qya | ||||||
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Title | Crystal structure of human transthyretin variant V30M in complex with luteolin | ||||||
Components | Transthyretin | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / AMYLOID FIBRILS / Vitamin A / Retinol-binding Protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLREP / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Begum, A. / Olofsson, A. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2015 Title: The flavonoid luteolin, but not luteolin-7-o-glucoside, prevents a transthyretin mediated toxic response. Authors: Iakovleva, I. / Begum, A. / Pokrzywa, M. / Walfridsson, M. / Sauer-Eriksson, A.E. / Olofsson, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qya.cif.gz | 114.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4qya.ent.gz | 90.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qya.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/4qya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/4qya | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13809.426 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 21-147 / Mutation: V30M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TTR, PALB / Plasmid: pET3a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P02766 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: V30M-TTR CONCENTRATION WAS 5 MG/ML IN 10 MM SODIUMPHOSPHATE, PH 7.6, 100 MM POTASSIUMCLORIDE. V30M-TTR WAS CO-CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE WITH 5 MOLAR EXCESS OF LUTEOLIN IN 3.5% V/V ...Details: V30M-TTR CONCENTRATION WAS 5 MG/ML IN 10 MM SODIUMPHOSPHATE, PH 7.6, 100 MM POTASSIUMCLORIDE. V30M-TTR WAS CO-CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE WITH 5 MOLAR EXCESS OF LUTEOLIN IN 3.5% V/V GLYCEROL AND 1.3-1.6 M SODIUM CITRATE AT PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: BRUKER AXS MICROSTAR / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: Bruker Platinum 135 / Detector: CCD / Date: Apr 17, 2014 |
Radiation | Monochromator: Triode electrostatic focusing / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→24 Å / Num. obs: 26524 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 43.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 95.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLREP / Resolution: 1.7→23.806 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→23.806 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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