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- PDB-4qlk: Crystal structure of rice BGlu1 E176Q/Y341A mutant complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qlk
タイトルCrystal structure of rice BGlu1 E176Q/Y341A mutant complexed with cellotetraose
要素Beta-glucosidase 7
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / BETA-ALPHA-BARRELS / OLIGOSACCHARIDE BINDING (オリゴ糖) / TRANSGLUCOSYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


amygdalin beta-glucosidase activity / prunasin beta-glucosidase activity / beta-L-arabinosidase activity / cellobiose glucosidase activity / beta-gentiobiose beta-glucosidase activity / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase activity ...amygdalin beta-glucosidase activity / prunasin beta-glucosidase activity / beta-L-arabinosidase activity / cellobiose glucosidase activity / beta-gentiobiose beta-glucosidase activity / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotetraose / Beta-glucosidase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rigid body refinement / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Pengthaisong, S. / Ketudat Cairns, J.R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Effects of active site cleft residues on oligosaccharide binding, hydrolysis, and glycosynthase activities of rice BGlu1 and its mutants
著者: Pengthaisong, S. / Ketudat Cairns, J.R.
履歴
登録2014年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase 7
B: Beta-glucosidase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,91910
ポリマ－109,2712
非ポリマー2,6488
水15,115839
1
A: Beta-glucosidase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6595
ポリマ－54,6351
非ポリマー1,0234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-glucosidase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2605
ポリマ－54,6351
非ポリマー1,6244
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.660, 79.531, 101.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.255332, 0.007217, 0.966826), (0.006243, -0.999964, 0.005816), (0.966833, 0.00455, -0.255368)-14.97556, -0.20435, 19.81193

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質 Beta-glucosidase 7 / / Os3bglu7


分子量: 54635.387 Da / 分子数: 2 / 変異: E176Q/Y341A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 株: Orion
遺伝子: BGLU1, BGLU7, LOC_Os03g49600, Os03g0703000, Os3BGlu7, OSJNBa0004L11.16
プラスミド: PET32A+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) / 参照: UniProt: Q75I93, beta-glucosidase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 代謝代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 844分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 839 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS CONFLICT IS IN GENBANK DATABASE AAA84906.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 20% PEG MME 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→30 Å / Num. obs: 87554 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 8189 / Rsym value: 0.465 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: Rigid body refinement
開始モデル: 3F5I

3f5i
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.83→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.379 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16854 3951 5 %RANDOM
Rwork0.15198 ---
obs0.15281 75154 88.94 %-
all-87554 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å2-0 Å20.09 Å2
2---0.11 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7604 0 170 839 8613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.94710909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.058316651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7335942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.14123.7400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.872151204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0971544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.671.723774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6661.7193773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0592.5754714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0592.5764715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2271.9454238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2271.9454238
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9382.8626196
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.40415.45910025
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.11414.8679654
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.878 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 92 -
Rwork0.202 1707 -
obs-8189 27.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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