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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qid | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Haloquadratum walsbyi bacteriorhodopsin | ||||||
要素 | Bacteriorhodopsin-Iバクテリオロドプシン | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Bacteriorhodopsin (バクテリオロドプシン) / proton pump (プロトンポンプ) / membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haloquadratum walsbyi (ハロクアドラトゥム・ワルスビイ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, A.H.J. / Hsu, M.F. / Yang, C.S. / Fu, H.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: An acid-tolerant light-driven proton pump 著者: Wang, A.H.J. / Hsu, M.F. / Yang, C.S. / Fu, H.Y. / Cai, C.J. / Yi, H.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qid.cif.gz | 98 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qid.ent.gz | 81 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qid | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28490.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haloquadratum walsbyi (ハロクアドラトゥム・ワルスビイ) 株: DSM 16790 / HBSQ001 / 遺伝子: bop1, bopI, HQ_1014A / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: Q18DH8 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MPG / [( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4 詳細: ammonium sulfate, NaCl, sodium acetate, PEG 200, pH 4.0, LIPID CUBIC PHASE, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日 |
放射 | モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→30 Å / Num. obs: 48309 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rsym value: 0.168 / Net I/σ(I): 8.212 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.67 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2.016 / Rsym value: 0.791 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.57→28.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 8.435 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.717 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.988 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.57→28.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.568→2.635 Å / Total num. of bins used: 20
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