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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qib | ||||||
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タイトル | Oxidation-Mediated Inhibition of the Peptidyl-Prolyl Isomerase Pin1 | ||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / cis-trans isomerization (シス–トランス異性体) / Oxidation of active site cysteine / cysteine sulfenic-sulfinic acid redox regulation / parvulin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / postsynaptic cytosol / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of SMAD protein signal transduction ...cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / postsynaptic cytosol / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of SMAD protein signal transduction / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of amyloid-beta formation / cytoskeletal motor activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / phosphoserine residue binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / positive regulation of protein dephosphorylation / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / phosphoprotein binding / synapse organization / regulation of protein phosphorylation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / regulation of protein stability / tau protein binding / neuron differentiation / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ISG15 antiviral mechanism / beta-catenin binding / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of protein binding / midbody / 遺伝子発現の調節 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / response to hypoxia / nuclear speck / positive regulation of protein phosphorylation / 細胞周期 / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.865 Å | ||||||
データ登録者 | Innes, B.T. / Sowole, M.A. / Konermann, L. / Litchfield, D.W. / Brandl, C.J. / Shilton, B.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015 タイトル: Peroxide-mediated oxidation and inhibition of the peptidyl-prolyl isomerase Pin1. 著者: Innes, B.T. / Sowole, M.A. / Gyenis, L. / Dubinsky, M. / Konermann, L. / Litchfield, D.W. / Brandl, C.J. / Shilton, B.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qib.cif.gz | 98.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qib.ent.gz | 83.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qib.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qib | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17640.555 Da / 分子数: 1 / 変異: R14A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Pin1 coding sequence beginning with LPPGW, preceded by GA, which is left from cloning and cleavage; N-terminal sequence GALPPGW... 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / プラスミド: pProEX-HTa Pin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13526, プロリルイソメラーゼ | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PE4 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.3 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20 mg/mL protein, 2.0 to 2.4 M ammonium sulfate, 1% poly(ethylene glycol) 400, 100 mM Hepes, 10 mM H2O2, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 115 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→27.791 Å / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 2445 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.865→27.791 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.68 / 位相誤差: 17.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.865→27.791 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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