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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q9g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of K12V/C16S/C117V/P134V mutant of human acidic fibroblast growth factor | ||||||
要素 | Fibroblast growth factor 1FGF1 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Beta-trefoil / growth factor (成長因子) / FGFR binding (線維芽細胞増殖因子受容体) / heparin binding (ヘパリン) / extracellular matrix (細胞外マトリックス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / positive regulation of cholesterol biosynthetic process ...mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of hepatocyte proliferation / S100 protein binding / positive regulation of intracellular signal transduction / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / positive regulation of sprouting angiogenesis / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / anatomical structure morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / Hsp70 protein binding / Signaling by FGFR2 in disease / Signaling by FGFR1 in disease / activation of protein kinase B activity / positive regulation of endothelial cell migration / 細胞外マトリックス / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / animal organ morphogenesis / growth factor activity / positive regulation of MAP kinase activity / lung development / wound healing / positive regulation of angiogenesis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / integrin binding / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / cellular response to heat / 細胞皮質 / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / 血管新生 / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞分化 / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.554 Å | ||||||
データ登録者 | Blaber, M. / Xia, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Pharm.Sci. / 年: 2015 タイトル: Mutation choice to eliminate buried free cysteines in protein therapeutics. 著者: Xia, X. / Longo, L.M. / Blaber, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4q9g.cif.gz | 78.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4q9g.ent.gz | 60 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4q9g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/4q9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/4q9g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16638.637 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 16-155 / 変異: K12V/C16S/C117V/P134V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF1, FGFA / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05230 #2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.76 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.8 M sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1.02 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.02 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 55669 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 11.2 % / Num. unique all: 5160 / % possible all: 90.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.554→36.18 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.554→36.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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