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- PDB-4q2d: Crystal Structure of CRISPR-Associated protein in complex with 2'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q2d
タイトルCrystal Structure of CRISPR-Associated protein in complex with 2'-Deoxyadenosine 5'-Triphosphate
要素CRISPR-associated helicase Cas3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RecA / HD nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / defense response to virus / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical protein af1432 - #30 / Cas3, C-terminal / Cas3 C-terminal domain / Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain / HD Cas3-type domain profile. / Hypothetical protein af1432 / Helicase conserved C-terminal domain ...Hypothetical protein af1432 - #30 / Cas3, C-terminal / Cas3 C-terminal domain / Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain / HD Cas3-type domain profile. / Hypothetical protein af1432 / Helicase conserved C-terminal domain / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / NICKEL (II) ION / CRISPR-associated helicase Cas3
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobaculum terrenum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.771 Å
データ登録者Gong, B. / Shin, M. / Sun, J. / van der Oost, J. / Kim, J.-S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Molecular insights into DNA interference by CRISPR-associated nuclease-helicase Cas3.
著者: Gong, B. / Shin, M. / Sun, J. / Jung, C.H. / Bolt, E.L. / van der Oost, J. / Kim, J.S.
履歴
登録2014年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated helicase Cas3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8426
ポリマ－105,1511
非ポリマー6925
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.684, 211.630, 104.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated helicase Cas3 / nuclease


分子量: 105150.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobaculum terrenum (バクテリア)
株: ATCC BAA-798 / 遺伝子: Tter_1895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1CGD0
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP / デオキシアデノシン三リン酸


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.2M Sodium Chloride, 0.1M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.1M Potassium phosphate monobasic, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.771→100 Å / Num. all: 29838 / Num. obs: 28764 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / Biso Wilson estimate: 39.24 Å2
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4q2c

4q2c


解像度: 2.771→45.655 Å / FOM work R set: 0.8402 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2467 1438 5 %random
Rwork0.2073 ---
all0.2093 29838 --
obs0.2093 28749 95.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 267.25 Å2 / Biso mean: 47.44 Å2 / Biso min: 19.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.771→45.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7207 0 34 107 7348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84910114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1022723
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7711-2.87020.35881140.31392156227076
2.8702-2.98510.35251390.29622643278293
2.9851-3.12090.32751420.27772706284896
3.1209-3.28540.27551440.25272749289397
3.2854-3.49120.29321460.22312760290698
3.4912-3.76060.21961460.22784293098
3.7606-4.13880.23711490.18562817296699
4.1388-4.73720.23221500.1622846299699
4.7372-5.96630.22331500.17912868301899
5.9663-45.66130.16631580.17512982314099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.7902 Å / Origin y: 28.5366 Å / Origin z: -3.7592 Å
111213212223313233
T0.2338 Å2-0.001 Å2-0.003 Å2-0.2612 Å20.0412 Å2--0.2371 Å2
L0.4648 °20.1597 °20.03 °2-1.1157 °20.5063 °2--0.8397 °2
S-0.0144 Å °-0.0433 Å °0.0365 Å °0.0011 Å °0.0376 Å °-0.0412 Å °0.0574 Å °0.107 Å °-0.0112 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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