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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q1e | ||||||
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タイトル | Human dCK C4S-S74E mutant in complex with UDP and the inhibitor 10 {2-{[(1R/S)-1-{2-[3-(2-fluoroethoxy)-4-methoxyphenyl]-5-methyl-1,3-thiazol 4-yl}ethyl]sulfanyl}pyrimidine-4,6-diamine} | ||||||
要素 | Deoxycytidine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PHOSPHORYL TRANSFER / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / DEOXYCYTIDINE (デオキシシチジン) / TRANSFERASE (転移酵素) / INHIBITOR COMPLEX (酵素阻害剤) / kinase (キナーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / リン酸化 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Nomme, J. / Lavie, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Structure-guided development of deoxycytidine kinase inhibitors with nanomolar affinity and improved metabolic stability. 著者: Nomme, J. / Li, Z. / Gipson, R.M. / Wang, J. / Armijo, A.L. / Le, T. / Poddar, S. / Smith, T. / Santarsiero, B.D. / Nguyen, H.A. / Czernin, J. / Alexandrova, A.N. / Jung, M.E. / Radu, C.G. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4q1e.cif.gz | 118.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4q1e.ent.gz | 90.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4q1e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/4q1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/4q1e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32701.627 Da / 分子数: 2 / 変異: C9S, C45S, C59S, S74E, C146S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 C41 / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.5 M trisodium citrate dehydrate and 25 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月28日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 46762 / Num. obs: 46762 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.028 / Net I/σ(I): 21.62 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique all: 6415 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 82.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4JLN 解像度: 1.85→27.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.298 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.281 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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