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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q0y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a thioesterase-like protein (CLOSPO_01618) from Clostridium sporogenes ATCC 15579 at 1.70 A resolution | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
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機能・相同性 | Immunoglobulin-like - #4400 / Uncharacterised protein Clospo_01618-like / membrane => GO:0016020 / ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (CLOSPO_01618) from Clostridium sporogenes ATCC 15579 at 1.70 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15578.342 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 31-163 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CLOSPO_01618 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 配列の詳細 | THIS CONSTRUCT (RESIDUES 31-163) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 31-163) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.13 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.100M Cadmium Chloride, 30.00% polyethylene glycol 400, 0.1M sodium acetate pH 4.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月25日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→29.678 Å / Num. obs: 43968 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.41 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3.ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4.WATERS WERE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3.ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4.WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5.CADMIUM (CD) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAS BEEN MODELED IN THE STRUCTURE BASED ON AN ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAP. 6.1,2-ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYOPROTECTANT HAS BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 7.EXPERIMENTAL PHASES IN THE FORM OF HL COEFFICIENTS WERE USED AS RESTRAINTS DURING CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.02 Å2 / Biso mean: 24.6016 Å2 / Biso min: 7.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.678 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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