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Yorodumi- PDB-4pys: The crystal structure of beta-N-acetylhexosaminidase from Bactero... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pys | ||||||
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Title | The crystal structure of beta-N-acetylhexosaminidase from Bacteroides fragilis NCTC 9343 | ||||||
Components | beta-N-acetylhexosaminidaseHexosaminidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacteroides fragilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.822 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of beta-N-acetylhexosaminidase from Bacteroides fragilis NCTC 9343 Authors: Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4pys.cif.gz | 417.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4pys.ent.gz | 354.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4pys.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4pys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4pys | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | Experimentally unknown. It is predicted to be a monomer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 59199.340 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides fragilis (bacteria) / Strain: NCTC 9343 / Gene: BF9343_3009 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE)magic / References: UniProt: Q5LAT3, UniProt: D1JST6*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M HEPES:NaOH, 15%(v/v) PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97913 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2014 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97913 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→34.5 Å / Num. all: 134406 / Num. obs: 134406 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 32 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.85 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 6620 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.822→34.032 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.822→34.032 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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