PDB-4pvj: Phl p 4 I153V variant, a glucose oxidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pvj

タイトル

Phl p 4 I153V variant, a glucose oxidase

要素

Pollen allergen Phl p 4.0202

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / BI-COVALENT FLAVINYLATION /

ALLERGEN (アレルゲン) /

GLUCOSE OXIDASE (グルコースオキシダーゼ) / HIGH OXYGEN REACTIVITY / GRASS POLLEN

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD binding /

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Phleum pratense (オオアワガエリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zafred, D. / Teufelberger, A. / Keller, W. / Macheroux, P.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Rationally engineered flavin-dependent oxidase reveals steric control of dioxygen reduction.
著者: Zafred, D. / Steiner, B. / Teufelberger, A.R. / Hromic, A. / Karplus, P.A. / Schofield, C.J. / Wallner, S. / Macheroux, P.

履歴

登録	2014年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2015年3月25日	Group: Database references
改定 1.3	2015年4月1日	Group: Structure summary
改定 1.4	2015年4月22日	Group: Other
改定 1.5	2015年9月2日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pvj.cif.gz	204.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pvj.ent.gz	172.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pvj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pvj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pveC 4pvhC 4pvkC 4pwbC 4pwcC 4pzfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tsj-1 4pvk-d 4arv-1 3tsj-2 1zr6-d 4pwc-d 4dns-2 6y0r-d 4pvh-d 1dbt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Pollen allergen Phl p 4.0202

ヘテロ分子

56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.740, 117.740, 201.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-762- HOH
2	1	A-1121- HOH

#1: タンパク質	Pollen allergen Phl p 4.0202 分子量: 55716.680 Da / 分子数: 1 / 断片: Phl p 4.0202 / 変異: I153V N61Q N330Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phleum pratense (オオアワガエリ) 遺伝子: phlp4 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: B2ZWE9
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7 mg/mL Protein in 20mM Tris + 70% Tacsimate pH 7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: Pilatus 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月4日
放射	モノクロメーター: fixed wavelength monochromatic beamline プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 76876 / Num. obs: 76859 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique all: 11329 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHASER	mr	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→49.429 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1857	3842	5 %	random
R_work	0.1519	-	-	-
obs	0.1536	76838	99.96 %	-
all	-	76876	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.429 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3851	0	69	508	4428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	4115
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.33	5604
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.342	1512
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	597
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	717

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8228	0.3333	139	0.2998	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8228-1.8468	0.3074	140	0.2797	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8468-1.8721	0.3254	140	0.2717	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8721-1.8988	0.3077	140	0.2556	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8988-1.9272	0.2609	141	0.2334	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9272-1.9573	0.2694	138	0.2289	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9573-1.9894	0.2533	140	0.2178	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9894-2.0237	0.252	141	0.2065	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0237-2.0605	0.2501	141	0.1982	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.1001	0.2019	140	0.1829	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1001-2.143	0.2113	141	0.1731	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.143-2.1896	0.2277	141	0.1687	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1896-2.2405	0.2225	140	0.1586	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2405-2.2965	0.2233	142	0.1565	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2965-2.3586	0.1838	141	0.15	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3586-2.428	0.199	141	0.1417	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.428-2.5064	0.2118	142	0.1406	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5064-2.596	0.175	141	0.1431	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-2.6999	0.1939	142	0.1544	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6999-2.8228	0.186	143	0.1465	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8228-2.9716	0.1638	143	0.1392	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9716-3.1577	0.1909	143	0.1487	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1577-3.4015	0.177	144	0.1395	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4015-3.7437	0.1398	145	0.1227	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7437-4.2851	0.1266	147	0.1098	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2851-5.3978	0.123	149	0.0998	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3978-49.4476	0.166	157	0.1469	2999	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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