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- PDB-4pp9: ITK kinase domain with compound 1 (N-[1-(3-CYANOBENZYL)-1H-PYRAZO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pp9
タイトルITK kinase domain with compound 1 (N-[1-(3-CYANOBENZYL)-1H-PYRAZOL-4-YL]-2H-INDAZOLE-3-CARBOXAMIDE)
要素Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
キーワードtransferase/transferase inhibitor / protein kinase (プロテインキナーゼ) / phospho-transfer / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell activation / NK T cell differentiation / : / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / T細胞 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase ...gamma-delta T cell activation / NK T cell differentiation / : / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / T細胞 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 / intracellular signal transduction / リン酸化 / シグナル伝達 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2VT / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Shia, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Discovery and optimization of indazoles as potent and selective interleukin-2 inducible T cell kinase (ITK) inhibitors.
著者: Pastor, R.M. / Burch, J.D. / Magnuson, S. / Ortwine, D.F. / Chen, Y. / De La Torre, K. / Ding, X. / Eigenbrot, C. / Johnson, A. / Liimatta, M. / Liu, Y. / Shia, S. / Wang, X. / Wu, L.C. / Pei, Z.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3066
ポリマ－60,4292
非ポリマー8774
水1,33374
1
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7494
ポリマ－30,2141
非ポリマー5343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5572
ポリマ－30,2141
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.039, 104.090, 57.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ITK/TSK / Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific ...Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific kinase / Tyrosine-protein kinase Lyk


分子量: 30214.492 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 変異: Y512E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITK, EMT, LYK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08881, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-2VT / N-[1-(3-cyanobenzyl)-1H-pyrazol-4-yl]-2H-indazole-3-carboxamide


分子量: 342.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14N6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: sodium nitrate, PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 380K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 17994 / Num. obs: 17975 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 48.64 Å2 / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 7.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SM2

1sm2


解像度: 2.58→25.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9064 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8591 / SU R Cruickshank DPI: 0.903
Isotropic thermal model: individual atomic plus TLS in two groups
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2837 919 5.11 %RANDOM
Rwork0.2229 ---
obs0.226 17975 94.04 %-
all-17994 --
原子変位パラメータBiso mean: 44.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0059 Å20 Å21.4588 Å2
2--11.4973 Å20 Å2
3----10.4914 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→25.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3932 0 62 74 4068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084086HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.025518HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1418SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes100HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes589HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4086HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.23
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion497SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4663SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.74 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3032 130 5.9 %
Rwork0.2386 2072 -
all0.2421 2202 -
obs--94.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1763-0.48080.28491.97770.57660.5809-0.03690.0754-0.0311-0.00590.0482-0.01010.0923-0.0135-0.0113-0.1831-0.0255-0.0036-0.0860.01890.093-1.22230.8609-18.4588
21.0028-0.649-0.26842.265-0.48990.4031-0.03730.06620.05190.05980.0160.026-0.08530.04790.0214-0.1879-0.0133-0.0574-0.0905-0.01660.1119-6.404633.2053-18.3626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|357 - A|619 A|703 - A|703 }A357 - 619
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|357 - A|619 A|703 - A|703 }A703
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|357 - B|619 B|701 - B|701 }B357 - 619
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|357 - B|619 B|701 - B|701 }B701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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