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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p0t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human centromere protein M | ||||||
要素 | Centromere protein MCENPM | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / Mitosis (有糸分裂) / Kinetochore (動原体) / CCAN / G-protein (Gタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 inner kinetochore / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / 核質 ...inner kinetochore / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.493 Å | ||||||
データ登録者 | Basilico, F. / Pasqualato, S. / Musacchio, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: The pseudo GTPase CENP-M drives human kinetochore assembly. 著者: Basilico, F. / Maffini, S. / Weir, J.R. / Prumbaum, D. / Rojas, A.M. / Zimniak, T. / De Antoni, A. / Jeganathan, S. / Voss, B. / van Gerwen, S. / Krenn, V. / Massimiliano, L. / Valencia, A. / ...著者: Basilico, F. / Maffini, S. / Weir, J.R. / Prumbaum, D. / Rojas, A.M. / Zimniak, T. / De Antoni, A. / Jeganathan, S. / Voss, B. / van Gerwen, S. / Krenn, V. / Massimiliano, L. / Valencia, A. / Vetter, I.R. / Herzog, F. / Raunser, S. / Pasqualato, S. / Musacchio, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4p0t.cif.gz | 136.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4p0t.ent.gz | 107.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4p0t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19245.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPM, C22orf18, ICEN39, PANE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NSP4 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.84 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM bicine pH 8.5, 11 % MPD, 8 mM spermidine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 0.92 / 波長: 0.92 Å |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.489 |
反射 | 解像度: 1.49→52.25 Å / Num. obs: 64606 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 26.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.54 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.493→52.015 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 15.82 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.848 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.493→52.015 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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