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- PDB-4oz0: Crystal structure of human CAPERalpha U2AF homology motif (apo-state) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oz0
タイトルCrystal structure of human CAPERalpha U2AF homology motif (apo-state)
要素RNA-binding protein 39
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / U2AF homology motif / UHM / protein-peptide complex / pre-mRNA splicing factor
機能・相同性
機能・相同性情報


RS domain binding / U1 snRNP binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / centriolar satellite / 転写後修飾 / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / 転写後修飾 / microtubule cytoskeleton / nuclear speck ...RS domain binding / U1 snRNP binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / centriolar satellite / 転写後修飾 / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / 転写後修飾 / microtubule cytoskeleton / nuclear speck / protein-containing complex / RNA binding / 核質
類似検索 - 分子機能
Splicing factor, RBM39-like / Splicing factor RBM39, linker / linker between RRM2 and RRM3 domains in RBM39 protein / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Splicing factor, RBM39-like / Splicing factor RBM39, linker / linker between RRM2 and RRM3 domains in RBM39 protein / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 39
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Loerch, S. / Kielkopf, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM070503 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Cancer-relevant splicing factor CAPER alpha engages the essential splicing factor SF3b155 in a specific ternary complex.
著者: Loerch, S. / Maucuer, A. / Manceau, V. / Green, M.R. / Kielkopf, C.L.
履歴
登録2014年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_keywords / symmetry
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 39
B: RNA-binding protein 39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3563
ポリマ－25,3212
非ポリマー351
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.653, 52.410, 85.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein 39 / Hepatocellular carcinoma protein 1 / RNA-binding motif protein 39 / RNA-binding region-containing ...Hepatocellular carcinoma protein 1 / RNA-binding motif protein 39 / RNA-binding region-containing protein 2 / Splicing factor HCC1


分子量: 12660.332 Da / 分子数: 2 / 断片: 417-530 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPER, CAPERalpha, FSAP59, HCC1, RBM39, RNPC2 / Variant: isoform B / プラスミド: pGEX-6p / 詳細 (発現宿主): TEV site / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q14498
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M tri-sodium acetate pH 4.5, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: その他 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月3日
放射モノクロメーター: Cu KA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.65 Å / Num. obs: 17820 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 6.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.29 Å / 冗長度: 1.59 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 80.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSデータ収集
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S6E

3s6e


解像度: 2.2→42.571 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1772 9.94 %Random Selection
Rwork0.1958 16048 --
obs0.1985 17820 90.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 56.04 Å2 / Biso mean: 15.0619 Å2 / Biso min: 3.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→42.571 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1688 0 1 189 1878
Biso mean--18.5 16.72 -
残基数----220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8942408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.545618
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.25950.2683930.245686595864
2.2595-2.3260.24851170.21721094121178
2.326-2.4010.25691330.21711117125084
2.401-2.48680.23941280.21161211133987
2.4868-2.58640.23611400.22231171131188
2.5864-2.70410.32921160.21311214133089
2.7041-2.84660.26711540.20631319147397
2.8466-3.02490.21771480.199913641512100
3.0249-3.25840.20511450.197213611506100
3.2584-3.58620.20151430.18181310145398
3.5862-4.10470.20231360.17681319145596
4.1047-5.17010.16051660.142413441510100
5.1701-42.57850.22361530.208313591512100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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