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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4otz | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a solute-binding protein (N280D mutant) from Anabaena variabilis ATCC 29413 in complex with cystein | ||||||
要素 | Amino acid/amide ABC transporter substrate-binding protein, HAAT family | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Anabaena variabilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a solute-binding protein (N280D mutant) from Anabaena variabilis ATCC 29413 in complex with cystein 著者: Tan, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4otz.cif.gz | 318.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4otz.ent.gz | 258.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4otz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4otz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4otz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4nqrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42364.367 Da / 分子数: 2 / 変異: N280D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Anabaena variabilis (バクテリア) 株: ATCC 29413 / 遺伝子: Ava_0465 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q3MFZ5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Original crystallization condition: 0.2 M Potassium Chloride, 20% (w/v) PEG 3350, 10mM valine. Crystal soaking condition: 0.2 M Potassium Chloride, 20% (w/v) PEG 3350, 10mM cystein, pH 7.0, ...詳細: Original crystallization condition: 0.2 M Potassium Chloride, 20% (w/v) PEG 3350, 10mM valine. Crystal soaking condition: 0.2 M Potassium Chloride, 20% (w/v) PEG 3350, 10mM cystein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97883 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月17日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97883 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.36→26 Å / Num. all: 158080 / Num. obs: 158080 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 31.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.36→1.38 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6673 / % possible all: 83.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry: 4NQR 解像度: 1.36→25.847 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.36→25.847 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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