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- PDB-4omr: Crystal structure of Tfu_1878, a putative enoyl-CoA hydratase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4omr
タイトルCrystal structure of Tfu_1878, a putative enoyl-CoA hydratase from Thermobifida fusca YX in complex with acetoacetyl-CoA
要素Enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE (リアーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / hydratase (水和反応)
機能・相同性
機能・相同性情報


delta(3,5)-delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase activity / enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid metabolic process / ペルオキシソーム
類似検索 - 分子機能
Delta(3,5)-Delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase Ech1-like / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...Delta(3,5)-Delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase Ech1-like / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ベンザミジン / ACETOACETYL-COENZYME A / Enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Langner, K.M. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Handing, K.B. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. ...Langner, K.M. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Handing, K.B. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Tfu_1878, a putative enoyl-CoA hydratase from Thermobifida fusca YX in complex with acetoacetyl-CoA
著者: Langner, K.M. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Handing, K.B. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics ...著者: Langner, K.M. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Handing, K.B. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2014年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02021年8月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9663
ポリマ－31,9951
非ポリマー9722
水3,477193
1
A: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8999
ポリマ－95,9843
非ポリマー2,9156
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_556y+1/2,-z+1/2,-x+11
Buried area11660 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area29640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.482, 106.482, 106.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-471-

HOH

21A-592-

HOH

詳細Full trimer is generated by crystallographic symmetry.

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase /


分子量: 31994.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 株: YX / 遺伝子: Tfu_1878 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q47NQ8, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物 ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA / アセトアセチルCoA


分子量: 851.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O18P3S
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン / ベンザミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M Ammonium sulfate, 0.05 M BIS-TRIS, 30% v/v Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), equilibrated against reservoir of 1.5 M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月16日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 34535 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 2.186 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.85-1.887.316921.4661100
1.88-1.927.317311.46411000.883
1.92-1.957.317051.50811000.687
1.95-1.997.416821.50211000.556
1.99-2.047.317111.55411000.487
2.04-2.087.417541.62911000.389
2.08-2.147.416861.66811000.302
2.14-2.197.417181.711000.26
2.19-2.267.417111.74411000.248
2.26-2.337.417071.82411000.202
2.33-2.417.417281.88711000.175
2.41-2.517.417111.96211000.155
2.51-2.627.417112.01511000.137
2.62-2.767.417282.07711000.113
2.76-2.947.417412.15811000.096
2.94-3.167.417232.3611000.08
3.16-3.487.417392.69911000.064
3.48-3.987.317543.02511000.052
3.98-5.027.217753.66911000.048
5.02-406.518286.021199.20.061

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.1732 / WRfactor Rwork: 0.1466 / FOM work R set: 0.8985 / SU B: 3.66 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.0875 / SU Rfree: 0.0881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 1737 5 %RANDOM
Rwork0.1539 ---
obs0.1553 34441 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.22 Å2 / Biso mean: 31.316 Å2 / Biso min: 17.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1874 0 63 193 2130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9242.0212768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.913.0074578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2155267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.91823.28873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.97515307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.061519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4871.5471051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3761.5431049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9732.2971320
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 105 -
Rwork0.234 2418 -
all-2523 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52560.16970.19241.16171.17771.57560.00110.02120.11420.06670.0651-0.065-0.08960.0635-0.06620.1639-0.00830.00260.1029-0.04060.113544.29722.66176.768
22.0265-0.7217-0.03912.0256-0.01280.6535-0.00070.08870.16460.01060.0515-0.2744-0.13330.1574-0.05080.1319-0.02860.01220.0652-0.04460.116450.00821.66871.338
31.3593-0.22350.91934.9042-0.75463.6364-0.11150.04230.3696-0.4097-0.11650.1376-0.448-0.23420.2280.22120.0632-0.02530.123-0.01820.185534.32524.8264.653
40.4237-0.10550.2780.84540.48871.04690.01720.03740.0779-0.03640.00650.0177-0.1511-0.0375-0.02370.13050.00910.01360.0927-0.00790.098242.10710.8461.719
51.6595-0.2817-0.14131.17170.29621.1054-0.0081-0.2050.05310.08480.0258-0.1374-0.02340.0856-0.01770.08160.0119-0.01650.0333-0.00330.044352.6213.57572.877
68.69450.25862.75122.38281.53888.70480.1091-0.28190.6646-0.1995-0.0162-0.5357-0.28610.2439-0.09280.1124-0.0140.05460.09130.00660.287471.6713.40261.641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2A39 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3A64 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4A94 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5A200 - 242
6X-RAY DIFFRACTION6A243 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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