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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4oll | ||||||
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Title | cAMP-binding acyltransferase from Mycobacterium smegmatis | ||||||
![]() | Acetyltransferase Pat | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Podobnik, M. / Rebolj, K. / Visweswariah, S.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Allostery and Conformational Dynamics in cAMP-binding Acyltransferases. Authors: Podobnik, M. / Siddiqui, N. / Rebolj, K. / Nambi, S. / Merzel, F. / Visweswariah, S.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 139.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 114.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37965.008 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0R3F9, ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-HG / ![]() | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.22 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: PEG 3350, NaCl, Bis-Tris, CaCl2, DAPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 15, 2010 Details: CMOS hybrid-pixel technology operating in dingle photon couting mode | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double-crystal fixed exit / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 12.8 % / Number: 345218 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27053 / % possible obs: 99.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.9→65.11 Å / Num. all: 27231 / Num. obs: 27052 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 9.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 167.25 Å2 / Biso mean: 54.924 Å2 / Biso min: 20.87 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→65.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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