+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4obg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate. | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Co-evolution (共進化) / Resistance | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cellular component / Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / viral budding via host ESCRT complex ...host cellular component / Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / viral budding via host ESCRT complex / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Kolli, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014 タイトル: HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance. 著者: Kolli, M. / Ozen, A. / Kurt-Yilmaz, N. / Schiffer, C.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4obg.cif.gz | 128.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4obg.ent.gz | 100.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4obg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4obg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4obg | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 10814.804 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, D25N, D30N, N88D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: group M subtype B (isolate ARV2/SF2) / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1173.325 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 446-455 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P03349, UniProt: P04591*PLUS |
---|
-非ポリマー , 4種, 213分子
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.24 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28% PEG 5000, 0.1M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 34288 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.88 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 99.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 47.01 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1T3R 解像度: 1.78→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 4.999 / SU ML: 0.121 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.977 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|