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- PDB-4npc: Crystal Structure of an Oxidoreductase, Short-Chain Dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4npc
タイトルCrystal Structure of an Oxidoreductase, Short-Chain Dehydrogenase/Reductase Family Protein from Brucella suis
要素Sorbitol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / reductase (還元酵素) / short-chain dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Sorbitol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella suis (ブタ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Dranow, D.M. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an Oxidoreductase, Short-Chain Dehydrogenase/Reductase Family Protein from Brucella suis
著者: Dranow, D.M. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2013年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorbitol dehydrogenase
B: Sorbitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1154
ポリマ－54,9972
非ポリマー1182
水6,972387
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.740, 87.740, 117.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Sorbitol dehydrogenase /


分子量: 27498.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella suis (ブタ流産菌) / 株: ATCC 23445 / NCTC 10510 / 遺伝子: polS, BSUIS_A1688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0CIA7
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MCSG1(f5): 0.2M Sodium Acetate, 20% PEG-3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月30日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→70.19 Å / Num. all: 46707 / Num. obs: 46513 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 29.873 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 29.71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.75-1.80.4934.0623148339399.9
1.8-1.840.3875.27235633286100
1.84-1.90.2926.923201324299.9
1.9-1.960.2199.15222733120100
1.96-2.020.16911.8821800304299.8
2.02-2.090.13314.8121054296199.9
2.09-2.170.119.1119993280499.8
2.17-2.260.07923.4819626276699.9
2.26-2.360.06428.3418623262599.8
2.36-2.470.05730.81179742541100
2.47-2.610.04836.0416812238699.7
2.61-2.770.04140.6216008228899.7
2.77-2.960.03547.514907214999.5
2.96-3.20.02954.9313799200099.7
3.2-3.50.02562.412729186599.5
3.5-3.910.02369.8411533167899.1
3.91-4.520.02176.0810172149098.7
4.52-5.530.02175.028590129398.7
5.53-7.830.02172.316500101197.5
7.830.0271.42309757392.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4EGF

4egf


解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.1799 / WRfactor Rwork: 0.1448 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.887 / SU B: 4.029 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.1013 / SU Rfree: 0.1013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1871 2353 5.1 %RANDOM
Rwork0.1487 ---
obs0.1506 46512 99.58 %-
all-48865 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.25 Å2 / Biso mean: 26.4 Å2 / Biso min: 5.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.41 Å2-0 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3614 0 8 387 4009
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.9625107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80938543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0925526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.71225.798119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81915605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.373156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9311.3542051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9281.3522048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3912.0232568
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 166 -
Rwork0.203 3224 -
all-3390 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46650.4967-0.21811.23790.00780.395-0.00750.0315-0.1829-0.0566-0.0133-0.2940.02760.03620.02080.03550.04160.03030.08-0.020.147930.8363-4.007224.97
21.2861-0.1873-0.15551.21150.34210.3372-0.0418-0.07620.0337-0.00910.0339-0.19680.01550.07780.0080.08530.02750.00190.1202-0.01180.05516.07026.04927.5678
36.8788-0.957-0.81670.75152.803511.8031-0.1339-1.06650.3585-0.06760.2652-0.0799-0.35870.636-0.13130.3205-0.14330.06770.4379-0.13670.39819.70993.543949.811
41.36370.1846-0.43240.8155-0.16870.88630.046-0.1804-0.07770.0953-0.0402-0.1682-0.04650.0808-0.00590.08090.025-0.02630.09120.00640.040512.6762-6.663736.6681
51.50790.5361-0.17512.40670.08470.75060.04780.08780.36810.08490.05510.1680.00550.0024-0.10290.0343-0.00330.01750.04770.02460.1668-5.198232.080827.4591
61.3486-0.2991-0.52141.13590.21820.5727-0.00730.02050.2203-0.02980.0521-0.0770.04380.0821-0.04480.08240.00680.00210.09990.00120.04354.52217.061425.6793
71.2682-3.5068-1.963812.41422.97095.28780.30480.0717-0.0239-0.8977-0.23820.1628-0.4806-0.0111-0.06660.3722-0.05940.05130.28990.03550.2662-3.760616.22624.6396
81.58960.44710.30671.7020.38920.2541-0.07020.24550.1516-0.19040.090.1012-0.02390.1076-0.01980.13-0.0097-0.01410.14770.03190.0558-9.683812.12120.6131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2A97 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3A200 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4A210 - 257
5X-RAY DIFFRACTION5B5 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6B99 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7B200 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8B209 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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