PDB-4nkh: Crystal structure of SspH1 LRR domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nkh

タイトル

Crystal structure of SspH1 LRR domain

要素

E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

キーワード

LIGASE (リガーゼ) /

Leucine-rich repeat (ロイシンリッチリピート) / E3 ligase substrate interaction domain

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type III secretion system / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / host cell nucleus / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Keszei, A.F.A. / Xiaojing, T. / Mccormick, C. / Zeqiraj, E. / Rohde, J.R. / Tyers, M. / Sicheri, F.

引用

ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of an SspH1-PKN1 Complex Reveals the Basis for Host Substrate Recognition and Mechanism of Activation for a Bacterial E3 Ubiquitin Ligase.
著者: Keszei, A.F. / Tang, X. / McCormick, C. / Zeqiraj, E. / Rohde, J.R. / Tyers, M. / Sicheri, F.

履歴

登録	2013年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nkh.cif.gz	517.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nkh.ent.gz	437.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nkh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nkh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nkgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t9u-d 2ywa-d 6j7v-d 5cc1-d 3bx4-d 6ejx-d 2vrp-2 6qgl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (3)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (3)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

B: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

C: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

D: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

E: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

F: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

155 kDa, 6 ポリマー
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1

A: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

F: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

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2

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3

C: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

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4

A: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

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5

B: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

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6

C: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

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7

D: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

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8

E: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

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F: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

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単位格子

Length a, b, c (Å)	114.930, 114.930, 252.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	162 - 396	3 - 237
2	1	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	162 - 396	3 - 237
1	2	GLU	GLU	HIS	HIS	A	A	162 - 392	3 - 233
2	2	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	162 - 392	3 - 233
1	3	GLU	GLU	ASP	ASP	A	A	162 - 394	3 - 235
2	3	GLU	GLU	ASP	ASP	D	D	162 - 394	3 - 235
1	4	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	162 - 396	3 - 237
2	4	GLU	GLU	ALA	ALA	E	E	162 - 396	3 - 237
1	5	GLU	GLU	MET	MET	A	A	162 - 395	3 - 236
2	5	GLU	GLU	MET	MET	F	F	162 - 395	3 - 236
1	6	GLU	GLU	HIS	HIS	B	B	162 - 392	3 - 233
2	6	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	162 - 392	3 - 233
1	7	GLU	GLU	ASP	ASP	B	B	162 - 394	3 - 235
2	7	GLU	GLU	ASP	ASP	D	D	162 - 394	3 - 235
1	8	GLU	GLU	GLY	GLY	B	B	162 - 397	3 - 238
2	8	GLU	GLU	GLY	GLY	E	E	162 - 397	3 - 238
1	9	GLU	GLU	MET	MET	B	B	162 - 395	3 - 236
2	9	GLU	GLU	MET	MET	F	F	162 - 395	3 - 236
1	10	ALA	ALA	HIS	HIS	C	C	161 - 392	2 - 233
2	10	ALA	ALA	HIS	HIS	D	D	161 - 392	2 - 233
1	11	ALA	ALA	HIS	HIS	C	C	161 - 392	2 - 233
2	11	ALA	ALA	HIS	HIS	E	E	161 - 392	2 - 233
1	12	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	162 - 392	3 - 233
2	12	GLU	GLU	HIS	HIS	F	F	162 - 392	3 - 233
1	13	GLY	GLY	ASP	ASP	D	D	160 - 394	1 - 235
2	13	GLY	GLY	ASP	ASP	E	E	160 - 394	1 - 235
1	14	GLU	GLU	ASP	ASP	D	D	162 - 394	3 - 235
2	14	GLU	GLU	ASP	ASP	F	F	162 - 394	3 - 235
1	15	GLU	GLU	MET	MET	E	E	162 - 395	3 - 236
2	15	GLU	GLU	MET	MET	F	F	162 - 395	3 - 236

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
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15

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase sspH1 / Salmonella secreted protein H1 / Secreted effector protein sspH1 分子量: 25782.168 Da / 分子数: 6 / 断片: LRR domains, UNP residues 161-398 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: 14028S / 遺伝子: sspH1, STM14_1483 / プラスミド: pProEx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3) RIL 参照: UniProt: D0ZVG2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

#1: タンパク質

E3 ubiquitin-protein ligase sspH1 / Salmonella secreted protein H1 / Secreted effector protein sspH1

分子量: 25782.168 Da / 分子数: 6 / 断片: LRR domains, UNP residues 161-398 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: 14028S / 遺伝子: sspH1, STM14_1483 / プラスミド: pProEx / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3) RIL
参照: UniProt: D0ZVG2,

合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月24日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 44291 / Num. obs: 44291 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→49.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 37.739 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 4.548 / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2802	2247	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24273	-	-	-
obs	0.24464	42043	98.82 %	-
all	-	42043	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.864 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→49.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10455	0	0	0	10455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	10697
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.089	1.998	14709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.181	5	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.66	24.873	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.004	15	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.485	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.022	8168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.423	166	-
R_work	0.356	3045	-
obs	-	-	99.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1351	1.8006	-0.0477	1.3664	-1.2834	1.9019	0.2875	0.165	-0.4832	0.2631	-0.1169	-0.1256	-0.4775	0.397	-0.1705	1.0126	-0.2282	-0.0982	0.2544	-0.151	1.108	33.7642	8.528	43.7173
2	4.157	1.4953	-4.5309	4.1405	-1.3762	9.2304	0.1434	-0.3458	0.0581	0.4002	0.2383	-0.3934	0.0854	0.583	-0.3816	0.8513	-0.2246	-0.1843	0.2518	-0.1546	0.8895	38.1763	18.071	45.2173
3	8.045	-1.8885	-4.957	4.1785	0.9975	12.7385	-0.2731	-0.1574	-0.0563	-0.0809	0.379	-0.3031	0.2323	0.3136	-0.1059	0.8913	-0.3525	-0.093	0.2909	-0.2739	0.9202	44.1085	27.5295	48.0694
4	5.3001	-0.7515	-0.5093	1.6652	1.7808	5.5728	-0.2949	0.0335	0.2893	-0.2141	0.3657	-0.6179	0.0485	0.3014	-0.0709	1.0754	-0.3755	-0.0341	0.3667	-0.2505	1.0426	48.003	37.8829	49.9965
5	5.1384	1.2816	0.184	7.7959	3.9093	7.2214	-0.2448	0.3417	0.0875	-0.2561	0.2974	-0.5809	0.0807	-0.0137	-0.0526	0.8903	-0.2542	0.018	0.2702	-0.1236	0.9738	46.1411	47.2686	51.8807
6	8.7658	-1.1219	-0.1878	3.6071	-0.8108	20.3766	-0.3614	0.6105	0.8055	-0.4761	0.5122	-0.6824	-0.0431	0.6799	-0.1508	1.0806	-0.2365	0.04	0.2122	-0.1413	1.0357	46.4141	55.8252	52.2429
7	13.6093	0.3591	2.9439	4.2952	2.4355	7.3009	-0.3908	0.8219	0.2006	-0.4565	0.4624	-0.3613	-0.7289	0.0639	-0.0716	1.0637	-0.221	-0.0533	0.4137	-0.0653	1.0297	44.2297	63.2951	53.5269
8	4.0025	-0.7046	-5.0529	4.4917	4.2004	13.5739	0.2521	0.2202	0.1963	-0.174	0.0132	0.2315	-0.2667	-0.6032	-0.2653	0.7496	0.1216	-0.0554	0.1468	-0.0086	0.7119	3.4873	22.8807	42.4942
9	2.584	-2.4182	-2.5029	4.2587	-0.2505	11.1488	-0.1384	-0.0952	-0.1274	0.331	0.09	0.2534	-0.0964	0	0.0484	0.674	0.0003	-0.04	0.008	0.0464	0.6534	9.7842	14.3022	43.6309
10	2.3204	-0.7635	3.7874	3.7775	-1.786	8.1163	0.1224	-0.0051	0.072	0.1089	-0.0727	-0.1374	-0.2522	0.1094	-0.0497	0.6977	0.063	-0.0863	0.0287	0.0418	0.7643	14.7461	4.1745	45.8788
11	1.2489	-1.5202	1.6034	3.5084	1.1157	8.4349	0.0911	0.0015	-0.2381	0.0707	0.0046	0.0676	-0.1142	0.0742	-0.0957	0.691	-0.01	-0.2329	0.0784	0.0733	0.9433	20.9877	-5.026	47.4342
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精密化 TLSグループ

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22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	374 - 393
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	162 - 195
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	F	374 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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