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- PDB-4nig: Crystal structure of AlkB D135I/E136H mutant protein with cofacto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nig
タイトルCrystal structure of AlkB D135I/E136H mutant protein with cofactors bound to dsDNA containing m6A/A
要素
  • 5'-D(*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*(6MA)P*AP*CP*CP*GP*T)-3'
  • Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / DNA/RNA direct repair / jelly-roll fold / DNA/RNA demethylation repair / Fe(II) (第一鉄) / 2-KG / OXIDOREDUCTASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methyl methanesulfonate / : / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / DNA alkylation repair ...response to methyl methanesulfonate / : / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / DNA alkylation repair / oxidative demethylation / : / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA修復 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Yi, C.Q. / Zhu, C.X.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Switching Demethylation Activities between AlkB Family RNA/DNA Demethylases through Exchange of Active-Site Residues.
著者: Zhu, C. / Yi, C.
履歴
登録2013年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
B: 5'-D(*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*(6MA)P*AP*CP*CP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0635
ポリマ－30,8623
非ポリマー2012
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.488, 76.078, 52.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB / Alkylated DNA repair protein AlkB / DNA oxidative demethylase AlkB


分子量: 22837.207 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-216 / 変異: S129C/D135I/E136H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: alkB, aidD, b2212, JW2200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05050, DNA oxidative demethylase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*(6MA)P*AP*CP*CP*GP*T)-3'


分子量: 4073.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*T)-3'


分子量: 3950.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 336分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG4000, 0.1 M sodium chloride, 0.05 M magnesium chloride, 0.1 M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月28日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→50 Å / Num. all: 44151 / Num. obs: 44019 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 1.52→1.57 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0029位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BIE

3bie


解像度: 1.52→37.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.226 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21181 2338 5 %RANDOM
Rwork0.1796 ---
obs0.18122 44019 97.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.86 Å20 Å2-0.44 Å2
2---2.47 Å20 Å2
3---4.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→37.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1581 506 11 334 2432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0172263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.7643181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg134363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5535212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.38822.72777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20815262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2551513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02543
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.556 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 162 -
Rwork0.298 3117 -
obs--93.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3703-0.00940.00320.52860.12870.03250.0021-0.00080.0164-0.0245-0.00560.0136-0.00360.00990.00350.0983-0.00240.02140.11630.00570.006423.3591.166875.1074
22.39490.78931.80997.04351.80843.42110.07110.3127-0.1963-0.15120.2310.0271-0.25740.2373-0.30210.08890.02820.01350.1444-0.00350.037813.2747-8.067850.8555
31.1121-0.6724-0.05540.6802-0.01480.01870.06470.0518-0.0651-0.0673-0.0630.0206-0.02610.0049-0.00170.10930.00590.02270.1105-0.01150.012128.5133-16.752862.8467
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 5
3X-RAY DIFFRACTION2C10 - 13
4X-RAY DIFFRACTION3B6 - 13
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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