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万見
- PDB-4ni5: Crystal Structure of a Short Chain Dehydrogenase from Brucella suis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ni5
タイトルCrystal Structure of a Short Chain Dehydrogenase from Brucella suis
要素Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein酸化還元酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / short chain dehydrogenase / dehydrogenase (脱水素酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella suis (ブタ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of a Short Chain Dehydrogenase from Brucella suis
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2013年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein
B: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0863
ポリマ－54,0612
非ポリマー241
水7,098394
1
A: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein
B: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子

A: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein
B: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1716
ポリマ－108,1234
非ポリマー492
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area12490 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area28630 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
3
A: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子

A: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1104
ポリマ－54,0612
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3180 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
4
B: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein

B: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0612
ポリマ－54,0612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3170 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.440, 130.390, 114.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-430-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein / 酸化還元酵素


分子量: 27030.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella suis (ブタ流産菌) / 株: ATCC 23445 / NCTC 10510 / 遺伝子: BSUIS_A1171 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0CGS2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: JCSG(d2): 30% PEG 400, 200mM MgCl2, 0.1M HEPES/NaOH pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月24日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 51576 / Num. obs: 51407 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.808 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.04
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.740.473.717555365996.9
1.74-1.790.4044.9721675366199.9
1.79-1.840.3196.221673360999.9
1.84-1.90.2657.5721053348699.9
1.9-1.960.2169.0320191335399.9
1.96-2.030.16911.3519524323399.9
2.03-2.110.14313.1190903178100
2.11-2.190.11116.1718220303599.9
2.19-2.290.10117.6917451290999.9
2.29-2.40.08420.6116776280699.9
2.4-2.530.07722.0715666262699.9
2.53-2.690.06624.78151312553100
2.69-2.870.05628.0613948236899.9
2.87-3.10.04732.79128522210100
3.1-3.40.04236.1811664204499.9
3.4-3.80.03641.310428186599.8
3.8-4.390.03344.99018165499.9
4.39-5.380.0346.997806140199.6
5.38-7.60.03143.476262111899.9
7.60.02649.44320063997.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VTZ

3vtz


解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.1704 / WRfactor Rwork: 0.1405 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8926 / SU B: 3.366 / SU ML: 0.055 / SU R Cruickshank DPI: 0.0869 / SU Rfree: 0.0868 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1807 2611 5.1 %RANDOM
Rwork0.1506 ---
all0.1521 54018 --
obs0.1521 51407 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.27 Å2 / Biso mean: 16.709 Å2 / Biso min: 3.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0 Å20 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3287 0 1 394 3682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.9534644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83337575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4735469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.64824.468141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67915540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7451521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7610.7991821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7620.7991820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2751.1882273
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 179 -
Rwork0.207 3476 -
all-3655 -
obs--96.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3153-0.3673-0.12873.662-0.88891.81860.0246-0.3188-0.00540.355-0.061-0.1055-0.06220.11390.03640.0624-0.0237-0.01950.0595-0.01770.03419.760122.476546.9868
23.2191-0.29650.9572.0657-0.60063.2925-0.076-0.03170.26210.23390.01070.0334-0.1525-0.10580.06530.0968-0.0157-0.00880.0213-0.03930.152413.888436.020940.0459
35.6571.790.18763.6338-1.3591.84-0.0146-0.11210.36880.1874-0.0313-0.0087-0.11590.01150.04590.0381-0.014-0.00760.0415-0.03470.056820.563628.522839.5956
46.04330.61890.70964.0794-0.30861.63460.0587-0.37470.36560.2244-0.06580.087-0.1425-0.06940.00710.04420.02250.01080.0662-0.04190.0646-9.367131.068436.1878
51.04580.1491-0.07030.2442-0.2230.2271-0.0222-0.0310.0870.02950.0073-0.027-0.03080.00260.01490.0376-0.00120.010.0571-0.01560.05627.717321.331634.2129
61.11470.0397-0.28320.32360.09660.8361-0.018-0.0575-0.02930.0512-0.0037-0.0193-0.00080.04380.02170.05270.00040.00090.03860.00410.02857.306310.718342.9446
71.44660.88170.0052.8-0.17164.59870.0196-0.0789-0.0973-0.0097-0.1052-0.2947-0.05150.32270.08570.02990.0353-0.00990.09350.02350.076320.8743-6.497343.9932
83.28882.24962.21826.08993.34384.42260.08980.0082-0.3721-0.12190.0677-0.54870.20580.3339-0.15750.06940.05830.01480.07160.02440.092920.6973-14.613142.3732
94.28761.13684.851.35552.38889.720.1129-0.1334-0.21580.06330.0285-0.0830.27940.0304-0.14150.0970.0301-0.00010.02240.01810.07311.3604-20.068946.0866
100.89240.15031.58390.16230.17464.30580.00240.1-0.0657-0.01840.0172-0.03840.1570.3457-0.01960.06790.03660.01470.048-0.00420.033510.4214-11.245930.7456
110.24490.0324-0.00460.2605-0.09740.89530.0270.0058-0.03650.00130.0106-0.03350.09880.0553-0.03760.06070.01510.00520.0526-0.00450.03586.783-6.607634.2925
120.8953-0.0811-0.20110.2537-0.14291.43560.0108-0.0168-0.01750.00280.0068-0.0754-0.00590.105-0.01760.03190.00420.00740.0419-0.00690.05815.6154.919732.9521
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2A36 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3A74 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4A92 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5A108 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6A202 - 246
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 26
8X-RAY DIFFRACTION8B27 - 61
9X-RAY DIFFRACTION9B62 - 79
10X-RAY DIFFRACTION10B80 - 101
11X-RAY DIFFRACTION11B102 - 200
12X-RAY DIFFRACTION12B201 - 246

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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