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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n6t | ||||||
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タイトル | Adhiron: a stable and versatile peptide display scaffold - full length adhiron | ||||||
要素 | Adhiron | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / protein scaffold / CONSENSUS PROTEIN (合意形成) | ||||||
機能・相同性 | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ARTIFICIAL GENE (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Mcpherson, M. / Tomlinson, D. / Owen, R.L. / Nettleship, J.E. / Owens, R.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2014 タイトル: Adhiron: a stable and versatile peptide display scaffold for molecular recognition applications. 著者: Tiede, C. / Tang, A.A. / Deacon, S.E. / Mandal, U. / Nettleship, J.E. / Owen, R.L. / George, S.E. / Harrison, D.J. / Owens, R.J. / Tomlinson, D.C. / McPherson, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4n6t.cif.gz | 46.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4n6t.ent.gz | 33.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4n6t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n6t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9286.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物) / 遺伝子: PHYTOCYSTATIN / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus (H05), 0.02 M Glycine, 0.02 M Sodium L-Glutamate, 0.02 M DL-Alanine, 0.02 M DL-Lysine Hydrochloride, 0.02 M DL-Serine, 0.1 M MOPS pH=7.50, 0.1 M HEPES sodium salt pH=7.50, 10.0% w/v ...詳細: Morpheus (H05), 0.02 M Glycine, 0.02 M Sodium L-Glutamate, 0.02 M DL-Alanine, 0.02 M DL-Lysine Hydrochloride, 0.02 M DL-Serine, 0.1 M MOPS pH=7.50, 0.1 M HEPES sodium salt pH=7.50, 10.0% w/v Polyethylene glycol 20000, 20.0% w/v Polyethylene glycol 550 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月24日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→36 Å / Num. all: 7945 / Num. obs: 7889 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.897 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 398 / % possible all: 91.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→35.855 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.99 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.084 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.855 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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