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- PDB-4n63: Crystal structure of hemagglutinin from an H7N9 influenza virus i... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4n63 | |||||||||
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Title | Crystal structure of hemagglutinin from an H7N9 influenza virus in complex with an O-linked glycan receptor | |||||||||
![]() | (Hemagglutinin ...![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xu, R. / Wilson, I.A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Preferential recognition of avian-like receptors in human influenza A H7N9 viruses. Authors: Xu, R. / de Vries, R.P. / Zhu, X. / Nycholat, C.M. / McBride, R. / Yu, W. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 410.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 339.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4n5jSC ![]() 4n5kC ![]() 4n60C ![]() 4n61C ![]() 4n62C ![]() 4n64C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Hemagglutinin ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 34993.559 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 21081.207 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 4 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
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#4: Polysaccharide | ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-NAG / | ![]() |
-Non-polymers , 1 types, 62 molecules ![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.33 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295.5 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 17-20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2013 / Details: K-B pair of biomorph mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 4.4 % / Number: 137382 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.02 / D res high: 2.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31335 / % possible obs: 99.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.75→50 Å / Num. obs: 31335 / % possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 |
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 37.66 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 4N5J Resolution: 2.7522→42.603 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 97.8468 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7522→42.603 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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