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- PDB-4n1g: Crystal Structure of Ca(2+)- discharged F88Y obelin mutant from O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n1g
タイトルCrystal Structure of Ca(2+)- discharged F88Y obelin mutant from Obelia longissima at 1.50 Angstrom resolution
要素Obelin
キーワードLUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / calcium binding (カルシウム) / EF-hand (EFハンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


生物発光 / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EFハンド / EFハンド / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EFハンド / EFハンド / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Obelia longissima (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Natashin, P.V. / Markova, S.V. / Lee, J. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the F88Y obelin mutant before and after bioluminescence provide molecular insight into spectral tuning among hydromedusan photoproteins
著者: Natashin, P.V. / Markova, S.V. / Lee, J. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.J.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obelin
B: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,57310
ポリマ－44,5102
非ポリマー1,0638
水10,196566
1
A: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7875
ポリマ－22,2551
非ポリマー5324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7875
ポリマ－22,2551
非ポリマー5324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.920, 85.127, 90.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 2 - 195 / Label seq-ID: 2 - 195

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 Obelin / OBL


分子量: 22254.904 Da / 分子数: 2 / 変異: S2A, F88Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Obelia longissima (無脊椎動物) / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Gold / 参照: UniProt: Q27709
#2: 化合物 ChemComp-CEI / N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE / COELENTERAMIDE / セレンテラミド / セレンテラミド


分子量: 411.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21N3O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.2M ammonium sulfate, 2% PEG 400, 0.1M HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月8日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 58909 / Num. obs: 58909 / % possible obs: 77.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 17.12 Å2
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / % possible all: 8.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F8P

2f8p


解像度: 1.5→49.541 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2089 2001 3.4 %RANDOM
Rwork0.1688 ---
all0.3375 58909 --
obs0.1701 58830 77.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75 Å2 / Biso mean: 22.6475 Å2 / Biso min: 6.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→49.541 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3114 0 68 566 3748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.023341
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7284528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8811238
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1739X-RAY DIFFRACTION7.183TORSIONAL
12B1739X-RAY DIFFRACTION7.183TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4999-1.53740.4413100.33953523627
1.5374-1.5790.3911320.331484287416
1.579-1.62550.3859580.28491674173232
1.6255-1.67790.2899990.25472865296455
1.6779-1.73790.27491520.234111426379
1.7379-1.80750.28591760.21274882505895
1.8075-1.88980.20961830.193551745357100
1.8898-1.98940.21971820.179351765358100
1.9894-2.1140.20541750.180652085383100
2.114-2.27730.20671840.165652245408100
2.2773-2.50640.22311830.165252525435100
2.5064-2.86910.23111830.179752515434100
2.8691-3.61460.19151900.149753225512100
3.6146-49.5680.16621940.142854965690100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.5649 Å / Origin y: 34.2587 Å / Origin z: 35.204 Å
111213212223313233
T0.0842 Å2-0.0149 Å2-0.0085 Å2-0.0742 Å20.019 Å2--0.0865 Å2
L0.5204 °2-0.1993 °2-0.301 °2-0.4293 °20.2333 °2--0.5942 °2
S0.0448 Å °0.0221 Å °0.0433 Å °-0.0207 Å °-0.0093 Å °-0.0277 Å °-0.0257 Å °-0.0143 Å °-0.0417 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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