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Yorodumi- PDB-4mpz: Crystal structure of TCP10c domain of Drosophila melanogaster Sas-4 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mpz | ||||||
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Title | Crystal structure of TCP10c domain of Drosophila melanogaster Sas-4 | ||||||
Components | Sas-4 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / beta-spine / centrosome biogenesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein localization to pericentriolar material / centriole elongation / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / asymmetric cell division / centrosome separation / male meiotic nuclear division / locomotion / centrosome cycle / pericentriolar material / microtubule polymerization ...protein localization to pericentriolar material / centriole elongation / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / asymmetric cell division / centrosome separation / male meiotic nuclear division / locomotion / centrosome cycle / pericentriolar material / microtubule polymerization / centriole replication / cilium assembly / centriole / tubulin binding / molecular adaptor activity / centrosome / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.701 Å | ||||||
Authors | Li, H. / Zheng, X. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: The conserved TCP domain of Sas-4/CPAP is essential for Peri-centriolar material tethering during centrosome biogenesis Authors: Zheng, X. / Gooi, L.M. / Wason, A. / Gabriel, E. / Mehrjardi, N. / Yang, Q. / Zhang, X. / Debec, A. / Basiri, M. / Avidor-Reiss, T. / Pozniakovsky, A. / Poser, I. / Hyman, A. / Li, H. / Gopalakrishnan, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mpz.cif.gz | 72.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mpz.ent.gz | 53.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mpz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mpz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24181.936 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: TCP10c domain, UNP residues 710-897 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Sas-4, CG10061, Dmel_CG10061 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9VI72 |
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#2: Chemical | ChemComp-IMD / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 10% PEG 3350, 0.2M NH4Ac, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 9, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. all: 8481 / Num. obs: 8481 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.701→41.022 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.39 / Phase error: 31.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 126.08 Å2 / Biso mean: 56.8409 Å2 / Biso min: 16.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.701→41.022 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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